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reads数越多，滑窗内GC含量降低

[size=15]代码：samtools mpileup -f ~/reference/genome/hg19/hg19.fa ../P_jmzeng.final.bam|[b]head -1000000[/b] |perl -alne '{$pos=int($F[1]/20000); $key="$F[0]\t$pos";$GC{$key}++ if $F[2]=~/[GC]/;$counts_sum{$key}+=$F[3];$number{$key}++;}END{print "$_\t$number{$_}\t$GC{$_}\t$counts_sum{$_}" foreach sort{$a<=>$b} keys %number}'[/size] [size=15]当取前100万行时GC含量正常，但取的行数越多GC含量越低，请问是代码问题还是数据本身原因[/size]

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-29 09:58

perl代码…… pass下一题

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这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-08-29 09:02

更新时间: 2018-08-29 09:58

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