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ciriRNA表达量如何计算？

用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定到的circRNA，看了很多文章都是用bsj（反向剪切位点）的reads数算RPM值来归一化表达量，具体该如何计算呢？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: 北京市
2023-06-20 17:02

ciriRNA表达量的计算方法主要涉及到circRNA的定量和归一化，下面介绍一般的计算步骤：

使用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定circRNA，并分别得到每个circRNA的bsj reads数。
根据每个circRNA的bsj reads数，计算其RPM值，即每百万条mapped reads中该circRNA的bsj reads数。 RPM = bsj reads数 / mapped reads数 * 1,000,000
为了消除不同circRNA之间样本量和测序深度的差异，需要进行归一化处理。常用的归一化方法有TPM和FPKM，这里以TPM为例。 TPM是指Transcripts Per Million，即每百万条mapped reads中该circRNA的占比。TPM值的计算首先需要得到每个circRNA的长度（L），然后计算出该circRNA的标准化因子（F），最后用RPM值除以标准化因子F，再乘以1,000,000，即可得到该circRNA的TPM值。 F = ∑(RPM值 / L) TPM = RPM值 / F * 1,000,000

综上所述，ciriRNA表达量的计算方法包括bsj reads数的计算、RPM值的计算和TPM值的计算。通过这些计算，可以得到每个circRNA的表达量，并进行比较分析。

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发布时间: 2023-06-20 16:53

更新时间: 2023-06-21 17:35

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