如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作? - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1285: 浏览

如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?

转录组差异基因表达分析

问题是这样的，我进行无参转录组分析，前期已经利用kallisto获得了每个unigene的eff_length、est_count、tpm的相关值。 1.因为有些原因，我不能利用sleuth进行下游的差异基因表达分析。同时我也不能利用DESeq进行差异基因表达分析（因为，我的实验中，表达丰度的衡量必须考虑unigene长度的问题）。 2.所以，我想问一下各位大佬，有什么软件，仅仅利用每个样本的所有tpm，就能得到差异基因。大概就是下图这样的数据格式，分为对照组与实验组，每个组有3个重复。 [attach]266[/attach] 其实，我看过孟大佬在以往讲课的时候，直接利用FPKM用R就处理了。但是当时是例子，没有重复，怪我统计学底子差，不知道不借助DESeq、sleuth这样的软件怎么计算qval这种值。

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-25 15:09

DESeq2 是针对count设计的，TPM和FPKM不适合它。

赞同 1 0评论

Pancras 注册会员用户来自于: 河南省郑州市
2018-09-25 18:47

那，大佬。有什么软件能利用tpm进行差异基因比较吗？，也就是基于tpm算出qval、foldchange的

赞同 0 3评论

关于作者

: Pancras 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

3: 回答

0: 文章

2: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-25 14:46

更新时间: 2018-09-25 21:48

关注人数: 2 人关注

相关问题

如何获得cas9蛋白的高效低效的sgRNA: 793 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？: 794 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？: 602 浏览 1 关注 0 回答 2 评论

菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？: 845 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

利用GATK的HaplotypeCaller生成GVCF一直报错怎么回事: 1111 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

生信到底如何入门？？？: 1686 浏览 6 关注 6 回答 0 评论

linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？: 1060 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何下载指定文献的原始数据？？: 836 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？: 942 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

统计学，如何从入门到放弃？: 851 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问基因表达: 803 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程: 1309 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问不同比对软件出的结果能进行比较吗？: 863 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问转录组: 844 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ciriRNA表达量如何计算？: 957 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问绵羊转录组测序后差异表达基因太多了: 1256 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况: 794 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选: 1009 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗: 989 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024