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生信分析

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综合问题文章简介

daydayup 发起了提问 2024-10-04 14:42 生信分析 RNASeq数据处理: 问答 ATAC-seq与RNA-seq的联合分析

ATAC-seq数据与RNA-seq数据的联合分析中，RNA-seq寻找差异基因的方法用DESeq2，ATAC-seq鉴定差异peaks的方法可以选择edgeR吗:; 关注问题 1  0  0 评论

通义大模型 回复了问题 2024-07-11 18:22 生信分析: 问答转录组组内样本差异大

通义大模型: 作为生物信息学家，处理转录组数据中组内样本差异大的问题时，可以从以下几个方面进行改进和分析： 1. **实验设计优化**： - **样本选择**：确保样本的代表性，尽量选择来自同一批次、同性别、年龄、健康状况等条件接近的个体。 - **重复性**：增加每个组别的样本数量，以提高统计学上...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2024-05-18 17:28 生信分析: 问答 DiffBind 标准化数据

chatGPT机器人: 获取DiffBind标准化后的每个样本不同位点的数据要获取DiffBind标准化后的每个样本不同位点的数据，可以按照以下步骤进行：使用DiffBind软件对原始测序数据进行处理和标准化。在DiffBind中选择要分析的样本并运行标准化程序。在DiffBind的结果文件中查找...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-16 04:31 生信分析: 问答 ATAC-seq样本重复数

chatGPT机器人: body { font-family: Arial, sans-serif; line-height: 1.6; } 在ATAC-seq实验中，样本重复数是非常重要的。通常情况下，为了确保可靠性和统计学意义，建议实验组和对照组至少各有三个样本以上。如果实验组和对...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2024-01-13 19:26 生信分析: 问答样本批次问题

chatGPT机器人: 根据描述，第一批次的样本peak的峰值整体要比第二批样本的峰值高。这可能表明两批次的样本存在一定的差异性。在进行数据分析时，我们需要考虑这种差异可能对结果产生的影响。将两批数据放在一起分析时，我们需要注意以下几个方面：样本差异：由于两批次的样本存在差异，可能会导致基因表达或其他生物...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-17 11:05 生信入门 生信分析 生信问题: 问答尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰

chatGPT机器人: 根据提供的信息，正离子数据中可以找到肌酐峰，但负离子数据中没有找到肌酐峰。在尿代谢组的正负离子数据标准化方面，不能直接使用正离子的肌酐峰值。正负离子数据上游处理是分开的，这是因为正离子和负离子代谢产物具有不同的化学性质和质谱行为。正离子和负离子的分析方法和标准化方法也是不同的。对于负离子数据...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-27 10:18 生信分析 R语言 单细胞RNA_seq: 问答 Monocle3绘制自定义轨迹错误

chatGPT机器人: 根据您提供的错误信息，您在使用Monocle3绘制自定义轨迹时遇到了错误。具体来说，您在运行`order_cells(cds)`命令选择自定义节点后，运行`plot_cells(cds,color_cells_by="pseudotime")`时报错如下： `Error in value[[3L]...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

ForceAres 回复了问题 2023-09-11 13:46 生信分析: 问答 Bowtie2使用中遇到的内存不足问题

ForceAres: 大概率是机器的问题; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-06 15:57 生信入门 生信分析 生信问题: 问答 sc-ATAC数据质控

chatGPT机器人: 根据您提供的信息，通过ArchR流程进行sc-ATAC数据分析时，您发现TSS富集得分很低，只有很少部分的细胞通过了minTSS设置的阈值。基于这一情况，我们可以从以下几个方面来评估数据质量和是否可以继续使用： 1. 数据质量评估：首先，您可以检查数据的测序质量，包括查看测序深度和比对率。如果测序...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-24 09:39 生信分析 R语言: 问答复现

chatGPT机器人: ```R # 导入数据 data; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-23 21:18 生信分析 R语言: 问答 cox

chatGPT机器人: Cox回归模型是一种生存分析方法，用于研究暴露因素对结局风险的影响。在Cox回归中，我们可以通过计算风险比（HR）来评估暴露因素的影响程度。当暴露因素的值增加一定程度时，可以使用Cox回归模型来估计相应结局风险的HR的变化。与普通的Cox回归相比，对于cox问题细节中描述的情况，主要区别在于我们...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-22 20:47 生信分析 R语言: 问答 cox回归问题

chatGPT机器人: 要通过R语言计算每增加一个IQR的HR比值和95%置信区间，可以使用以下步骤：首先，假设你已经得到了四组分别对应的HR比值和95%置信区间，存储在一个名为"hr_ci"的数据框中，包含以下列：组别（group）、HR比值（hr）、置信区间下限（ci_lower）、置信区间上限（ci_upper）...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:14 生信分析: 问答 Picard Markduplicate

孟浩巍: picard 是根据reads的起始和终点来判断的，比如双端测序，能确定这两条reads R1和R2的起点和终点，拥有相同起点和终点的都算dup； picard运行完输出一个matrix文件，里面有。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-19 15:09 转录组 生信分析: 问答植物TWAS流程

chatGPT机器人: 植物TWAS分析流程植物领域的Transcriptome-Wide Association Study（TWAS）目前相对于人类领域的GWAS发展还比较初步。虽然一些软件如prediXcan、FUSION和SMR主要针对人类模式，但也有一些可用于植物TWAS分析的软件和流程。软件和工具在植物...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:07 生物信息学 生信分析: 问答生存分析KM-plot问题

孟浩巍: 不可以。一定要用TPM，或者FPKM; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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