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GO分析

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综合问题文章简介

lconan 回复了问题 2023-06-15 09:44 GO分析 kegg功能注释: 问答 KEGG结果为空？

lconan: 前一段时间KEGG接口不是改了吗....clusterprofiler需要更新, 更新后还不行的话, 应该下载离线版的数据库,再进行分析; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

ForceAres 回复了问题 2023-05-24 15:39 GO分析 kegg功能注释: 问答 GO、KEGG分析中的showCategory是按照什么顺序来输出对应的条目的

ForceAres: 根据Clusterprofile里面表的默认排序，存在@result里面，查阅源码可知，这个表的默认排序是似乎是根据pavlue来的; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-21 14:30 GO分析: 问答为什么我在做go的时候，用clusterProfiler富集没有结果，但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢？代码如图

孟浩巍: 有可能是使用的gene 背景不同，你可以把qvalue的cutoff设置成1，pvalue的cutoff也设置成1，把所有的输出结果与你网页上GO的结果对比。仔细查看一下具体富集到某个通路的gene数目。我的经验是，clusterprofile的富集结果更严格一些。DAVID的结果和clust...; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-28 10:35 GO分析 无参转录组: 问答请问无参转录组的GO分析如何进行

孟浩巍: 现在blast2GO商业化了，有钱可以用，挺好用的。如果没有钱的话，一般是注释GO id以后用topGO做富集分析~ 回头我专门写一个帖子讲这个事情。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 6 回复

jailyn 回复了问题 2018-08-23 14:47 问题求解 GO分析 R: 问答 R进行GO时出现No gene can be mapped....

jailyn: 修改成为“ENTREZID” 之后还是一样的问题。 --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: 818055,837839,839140,831727,832825,839243 --> return NULL...; 赞同1 反对 0 人感谢 4 评论 3 回复

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