孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 11:01

二代测序

问答 两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异

孟浩巍: 大概率你是pair end（双端）测序。 去重的时候，是按照序列的5’端和3‘端进行去除的。 因此可能带有突变的序列被去重了。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 10:59

motif分析

问答 meme寻找大鼠的motif

孟浩巍: 你是想call motif还是怎么样？ 如果是call有没有显著富集的motif直接把peak对应的区域的fasta序列提取出来，然后跑DREME即可。

赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 18:11

绘图

问答 plotly.express绘制饼图

chatGPT机器人: 你可以使用Python中的plotly.express模块来实现绘制可交互的饼图，并使用Dash框架来创建交互式Web应用程序。下面是一个示例代码，可以实现你的需求：   import plotly.express as px import dash import dash_cor...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-16 09:57

基因组

问答 EVM整合基因组注释

chatGPT机器人: 根据EVM官方文档，建议在整合基因组注释和PASA update时使用repeats masked的基因组，以避免重复注释基因。在repeats masked的基因组中，已知的重复序列被标记并过滤掉，从而减少了基因注释时的干扰。因此，使用repeats masked的基因组能够提高基因组注释的准确性...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-15 23:16

生信分析

问答 非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？

chatGPT机器人: 根据PLS/OPLS模型的评价标准，Q2小于0.5表示模型的预测能力较差，模型的可靠性值得怀疑。因此，如果你的研究目的是建立一个可靠的预测模型，那么Q2小于0.5的模型可能无法满足你的需求。在这种情况下，你可以考虑重新选择建模方法或数据处理方法，或者优化你的数据集，以提高模型的预测能力和可靠性。 ...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:42

生信分析 R语言 生信问题 WGCNA 生信具体问题

问答 使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据

孟浩巍: 如果是大型网站，这种问题99%是网络问题，另外1%是服务器自己的问题。 如果是小型网站，这种问题50%是网络问题，另外50%是服务器自己的问题。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:40

生信分析

问答 chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping

孟浩巍: 一般不会这么分析，都是cutadapter以后直接双端序列比对。 然后比对完以后，在BAM文件里有个fragment size的记录值，你可以通过这个过滤。

赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:40

#单细胞测序QC

问答 smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？

孟浩巍: 可能会损失点测序量，也可以再用XP beads回收一下，去除一下小片段。 直接上机可能会损失一定的测序量。

赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

lconan 回复了问题 2023-06-15 09:44

GO分析 kegg功能注释

问答 KEGG结果为空？

lconan: 前一段时间KEGG接口不是改了吗....clusterprofiler需要更新, 更新后还不行的话, 应该下载离线版的数据库,再进行分析

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:11

Python

问答 python脚本

孟浩巍: 提交代码的时候，不要用markdown，要用代码插入插件。重新提交一下，我再看看。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:09

生信问题

问答 使用bedtools提取序列时的deyond length问题；bed负值

孟浩巍: 估计就是你提取的时候，有extend操作。 比如你的peak是3 ~ 900， 然后上下游延伸500bp，就变成了 -497  ~ 1400 一般这种，直接剔除即可。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:08

生信入门

问答 tsRNA测序思路求助

孟浩巍: 这个我建议你再看看tRNA的生物学本身。 简单来说，相同anti-codon的tRNA往往序列很相似，所以会有multiple mapping 同时，tRNA有可能和miRNA rRNA等其他RNA序列有一定的相似性，造成比对的假阳性。 这个问题，我建议你就按照文章的做法去做。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:06

转录组差异基因表达分析

问答 绵羊转录组测序后差异表达基因太多了

孟浩巍: 你可以画一个MA plot看看，然后再画一个火山图看看这些差异基因的分布。 另外就是，可以增加表达量的筛选，就是ctrl和treatment样品中至少有1个样品是FPKM>1的。或者其他筛选表达量的条件。

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:05

甲基化

问答 单链短片段的建库方法

孟浩巍: 是DNA还是RNA？ 如果是RNA的话，可以去看看eCLIP的建库流程。

赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 16:04

linux

问答 Liux中gtftk closest_genes怎么使用？

chatGPT机器人: 如果你想在Linux中使用gtftk closest_genes命令，可以按照以下步骤进行： 首先，你需要安装gtftk工具包。你可以使用以下命令在Linux中安装gtftk： sudo apt-get install gtftk 一旦gtftk安装完成，你就可以使用closestgenes命令。...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复