孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 21:01

差异基因软件比较

问答 关于tophat2 + cufflinks 得到的差异基因和featureCounts差异基因数目相差太大原因

孟浩巍: 我建议： cuffdiff结果里面满足下面3个条件的算显著基因： 1. sample1 FPKM 或者 sample2 FPKM至少有1个大于1； 2. log2foldchange 的绝对值大于1； 3. qvalue < 0.05;   DESeq2 或者 edgeR的结果中满足下面3个条件 算...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 10:15

Ideogram可视化

问答 Ideogram的画法

孟浩巍: 这种ideogram，目前我认为比较好用的工具是 Bioconductor里面的IdeoViz包； [attach]164[/attach]     但是如果想要你说的这个效果，我觉得绝大多数情况下，应该都是画完以后后期再美化的。

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sysuwinux 回复了问题 2018-09-06 23:10

多因素COX

问答 多因素COX回归后画risk score曲线

sysuwinux: 我已经解决了这个问题 ，横坐标改为样本编号就可以了  附上结果图。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 13:05

参考基因组

问答 请问UCSC上下载的参考基因组中这个文件是什么含义

孟浩巍: 请参考我的视频教程：   第2次Live上机录像：2017-08-04-高通量测序技术交流录像网址 [url]https://www.bilibili.com/video/av12969326/[/url]   主要内容 [list] [*]Linux基础操作 （1:00 - 20:30)[/*] ...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 09:35

甲基化

问答 启动子区域甲基化位点选择

孟浩巍: 看你怎么计算了，如果你要计算的region正好包括两个点，那么取平均，取中位数，取最大值等等都可以，要看你说明的问题是什么。这里你简单处理的话，取平均就好。

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窒息的杰克 回复了问题 2018-09-03 00:30

Gene ID转换

问答 关于gene id转换以及“org.Hs.eg.db"包（小剧场？）

窒息的杰克: 同意楼上推荐，Y叔的clusterProfiler确实是神包，做基因GO富集和KEGG分析时很方便。用birt函数就可以了

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-02 10:33

kegg功能注释

问答 请问大家都是用什么做KEGG功能注释的呢

孟浩巍: 其实道理类似，就是先找到你这个物种geneA 对应的模式生物的geneB, 一般寻找的过程是blast。 然后再通过模式生物的geneB进行KEGG或者是GO分析。   blast2GO就是简化了这个过程，但是道理还是这么个道理。

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agct 回复了问题 2018-09-02 10:01

RNA_Seq定量

问答 featureCounts assigned reads率低，正常吗？

agct: [attach]80[/attach] 命令参数是这样

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雪饼 回复了问题 2018-09-01 08:09

数据库 NT库

问答 创建NT子库以及NT库提取特定物种分类的序列

雪饼: 我已找到解决办法，感谢关注的小伙伴

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 20:01

GTEx

问答 GTEx项目的数据类型

孟浩巍: GTEx数据我有一点总结笔记，分享给你。   [b]## 基本信息[/b] 1. 网址 ```https://www.gtexportal.org/home/```   [b]## GTEx Data and Analysis FAQs[/b] 1. 数据下载     * 数据下载可以通过```ht...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 12:58

TCGA

问答 cox单因素分析问题

孟浩巍: 目前提供的TCGA数据都是RSEM

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 11:41

deeptools. ChIP_seq

问答 deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？

孟浩巍: bw是bigwig文件，里面包含了genome上每个稳点的覆盖情况，一般是从BAM文件转换到bw文件。 如果是做全genome的可视化以及质控，比如衡量是否富集，衡量相关性等等，我建议用全genome的bw去做。  

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amy 发起了提问 2018-08-30 20:09

GWAS

问答 GWAS 数据存储网站

各位大佬，乳腺癌的GWAS的测序数据有没有总的上传网站？:

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-29 14:23

甲基化

问答 甲基化位点选择

孟浩巍: 1. 看你要研究什么问题，如果是想关注的问题比如转录起始，比如发育过程，那么关注TSS附近的就可以了。但是如果你想看global的变化，那肯定要所有的数据多分析。 2. 还是建议想清楚你要研究的问题，再用数据做探索~ 

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-28 12:55

算法 聚类分析

问答 Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？

孟浩巍: closed reference:      分析的时候如果有read落不到你的reference，这种read就直接扔掉； open reference：      分析的时候如果有read落不到你的reference，这种read就直接当de novo的reference来用； de nov...

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