孟浩巍 回复了问题 2023-06-01 15:48

表观遗传学

问答 H3K27ac occupancy怎么定义？

孟浩巍: 做个H3K27ac的ChIP-seq，直接计算某个位置的RPKM或者CPM等数值就可以类似叫做H3K27ac occupancy。 和Peak的区别就在于，任何位置都可以。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-28 20:33

表观遗传学

问答 epigenome editing tools

孟浩巍: 之前2016年前后火了一阵子，后来就消停了。主要还是编辑效率和最后表型之间的关系还是比较弱。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-28 20:33

表观遗传学

问答 表观遗传学标记

孟浩巍: 这啥问题啊……QAQ

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 17:17

表观遗传学

问答 the phenotype score

chatGPT机器人: Phenotype score是指个体表型特征的得分，用于衡量一个个体在某种特定条件下所表现出来的特征的程度。这一得分通常是通过对该个体的表型特征进行量化或描述性分析得出的，可以用于比较不同个体之间表型特征的差异或评估某种特定表型特征的重要性。 在生物学和生物信息学的研究中，Phenotype sc...

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宋亚丹 回复了问题 2023-05-21 14:01

测试 生信分析思路 表观遗传学

问答 表观遗传学的常用技术和研究策略都有哪些？

宋亚丹: hMeDIP-seq: 羟甲基化DNA免疫共沉淀测序，用5hmC抗体将羟甲基化的DNA片段拉下来，进行测序。除了一般fastqc质控，trimGalore质控，bowtie2比对，它还多了一步macs2找富集峰，也进行组间差异peak的寻找以及peak在基因上的注释（启动子区，内含子，外显子，utr...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-19 20:12

表观遗传学

问答 cut tag 测序相关问题

孟浩巍: 先回答你第2个问题，fastqc里的所谓重复不影响你做分析，那个的评估不准确。 然后是unique mapping的比例，只要你看到目标区域有富集峰，那就继续分析即可。 不是说一定要完美的建库结果，才能分析出有生物学意义和价值的东西。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 11:40

生信问题

问答 染色体号是罗马数字怎么写sh循环

孟浩巍: 类似 for chr_name in chrI chrII chrIII chrIV do xxx done

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 11:00

表观遗传学

问答 表观遗传学未来发展趋势是什么？

chatGPT机器人: 表观遗传学未来发展趋势 随着技术的不断进步和生物学研究的深入，表观遗传学将会在未来发展出以下趋势： 技术革新：高通量测序技术的发展和生物信息学的进步将使得表观遗传学研究更加深入和全面。例如，单细胞测序、三代测序和空间转录组学等新技术的应用将会为表观遗传学研究提供更为广阔的空间。 ...

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