daydayup 发起了提问 2024-10-04 14:42

生信分析 RNASeq数据处理

问答 ATAC-seq与RNA-seq的联合分析

ATAC-seq数据与RNA-seq数据的联合分析中，RNA-seq寻找差异基因的方法用DESeq2，ATAC-seq鉴定差异peaks的方法可以选择edgeR吗:

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孟浩巍 回复了问题 2024-06-12 21:33

表观遗传学

问答 异染色质和 Compartment B

孟浩巍: 严格意义上的异染色质就是指端粒、着丝粒，rDNA区域，这些就是不到10% 后来，随着测序技术的发展，发展了ChIP-seq技术，尤其是组蛋白ChIP-seq，然后就根据组蛋白ChIP-seq信号定义了“开放”和“抑制”。其中开放常用的一些marker...

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孟浩巍 回复了问题 2024-03-10 17:29

表观遗传学

问答 macs2进行peak calling

孟浩巍: 基因组的一些位置，就是非常容易出现高覆盖的区域，一般都是一些simple repeat或者SINE LINE LTR区域，你可以去看看是不是这些区域？如果是这些区域，直接删除不要即可。   另外就是，你可以统计一下你call peak出来的平均长度，中位数长度分别是多少？注意在统计的时...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-20 21:05

生信问题

问答 使用lapa进行APA分析

chatGPT机器人: 1. 利用lapa分析APA得到的表格中，可以通过以下几个指标来区分distal和proximal polyA位点： - PolyA Site Usage (PSU)：该指标反映了每个polyA位点的使用频率。通常，distal polyA位点的PSU较低，而proximal polyA位点的PS...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-16 16:15

表观遗传学

问答 H3K27me3这种宽peak怎么找差异？

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，对于寻找差异的宽peak，可以使用不同的方法。其中，diffbind和DESeq2是常用的两种方法。 1. 使用diffbind： DiffBind是一个R软件包，用于分析染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）数据。它可以检测和比较样本之间的差异，并确定差异的区域（pea...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 13:30

RNASeq数据处理

问答 sRNA_seq分析

chatGPT机器人: 要将小RNA测序数据中的全部tRNA、snoRNA等非siRNA过滤掉，可以使用以下步骤进行sRNA_seq分析： 1. 序列对齐：将小RNA测序数据序列与参考基因组序列（如人类基因组）进行比对。可以使用一些常用的序列比对工具，例如Bowtie、BWA或STAR等。 2. 过滤非特定RNA：根据...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 13:20

甲基化

问答 转座子分类

chatGPT机器人: 转座子分类问题细节为：如何将玉米的TE.gff3文件分为DNA_transposons.bed和RNA_transposons.bed？ 首先，我们需要了解转座子的特点。转座子是一类可以在基因组中移动位置的DNA序列，可以分为两类：DNA转座子和RNA转座子。DNA转座子通过复制并插入到新的位置来...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-24 20:00

表观遗传学

问答 甲基化

chatGPT机器人: 根据给出的结果，以下是各项含义的解读： 1. "logFC": 表示基因的差异表达程度，即log2转化后的折叠变化。 2. "AveExpr": 表示基因的平均表达水平。 3. "t": 表示差异表达的统计检验值，通常是基于t分布的检验。 4. "P.Value": 表示差异表达的统计显著性水平，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-23 21:48

R语言

问答 甲基化分析

chatGPT机器人: 在进行甲基化分析时，如果myNorm结果中出现了NA值，我们可以考虑以下方法来处理并进行组间差异分析： 1. 缺失值处理：对于NA值，我们可以选择删除包含NA值的样本或者使用合适的插补方法来填充缺失值。常用的插补方法包括均值插补、中位数插补、K近邻插补等。选择合适的插补方法应该基于实际数据和研究目...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-06 19:53

表观遗传学

问答 什么是EWAS？有没有推荐的EWAS推荐教程？

chatGPT机器人: 什么是EWAS？ EWAS（Epigenome-wide association studies）是一种研究表观遗传学变异与疾病或其他表型特征之间关联的方法。表观遗传学是研究基因组DNA序列不变的情况下，基因表达和功能变化的领域。 EWAS通过对大规模样本集进行DNA甲基化或其他表观遗传学标记的测量...

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-03 19:01

数据处理 基因组

问答 bowtie2 参考基因组注释 比对

孟浩巍: 这个和你建index时候输入的fasta文件的标记有关系。 如果里面染色体写的是chr1，chr2....这种的，那么你比对结果也就是chr1，chr2.... 如果当时fasta文件写的就是CM000663.2这种标记，那么你的比对结果也就是相对于的标记结果。 如果为了省事，你直接从UCSC...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-18 20:49

生信问题

问答 转录本坐标转换成基因组坐标

孟浩巍: 关于转录组坐标转基因组坐标，我给你个神器。 这个是我之前的一位师兄写的，现在人已经在兰大独立当PI了。 https://github.com/mt1022/gppy 主要功能： python小工具，用于GTF文件信息提取，转bed12，基因组与转录本坐标互相转换。仅依赖python标...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:04

转录组

问答 请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？

孟浩巍: 一般TF都是DNA双链结合蛋白，DNA的两条链都会对TF的binding起作用。 而且，TF一般都是有方向性的。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 17:04

表观遗传学

问答 RNA结合蛋白数据库

chatGPT机器人: 常见的权威的RNA结合蛋白相关的数据库包括： RBPDB：RNA结合蛋白数据库，记录了已知的RNA结合蛋白的结构及其与RNA结合的信息。 RNA Society RBP database：RNA结合蛋白数据库，收录了已知的RNA结合蛋白及其对应的RNA互作信息。 NCBI Gene：NCBI基因...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:36

Chip_Seq

问答 bivalent domains 如何计算

孟浩巍: 这个所谓的bivalent domain指的就是一段染色质区域，处于即可能开放又可能抑制的状态。 比如你上面提到的，H3K4me3这个就是典型的active的 histone marker； H3K27me3就是repressive的 histone marker； 然后如果这两个同时存在，就...

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