ForceAres 回复了问题 2023-06-06 12:01

转录组

问答 转录组定量结果为0

ForceAres: 调下featurecounts的参数，比如-M multi-mapping是否接受， -O meta-features, 或者看下你这基因在gtf里面有没有gene_id，没有就调-g

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 13:48

转录组

问答 二代转录组去除批次效应

孟浩巍: 一定要用，就combat吧，没太好的办法。combat也不是神仙。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 13:43

生信问题

问答 启动子染色质开放性

孟浩巍: 影响转录的有多个原因，染色质开放程度仅仅只是1个因素。 所以染色质开放程度和基因表达量是个相关关系，并不是因果关系。 有些染色质开放程度低，但是可能有一些重要的转录因子影响了转录效率，都是有可能的。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-31 23:40

转录组

问答 HISAT2建立索引

孟浩巍: 1. 可以不加SNP信息；和RNA的剪接位点信息； 2. 后面两个python脚本是自带的。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-29 14:49

数据下载

问答 数据下载

chatGPT机器人: 对于与肿瘤相关的三代测序数据，可以在以下数据仓库中进行下载： NCBI Sequence Read Archive (SRA) European Nucleotide Archive (ENA) DNA Data Bank of Japan (DDBJ) Genomic Data Commons...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 13:37

转录组

问答 转录组测序问题

chatGPT机器人: 一、质控问题： 1. Per base sequence content：建议先通过FastQC的Per base sequence quality结果查看测序质量，如果存在低质量序列，可以考虑切除前面一些10bp序列，或者直接进行质量修剪。但是，如果测序质量较高，可以不用切除。 2. Sequ...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 11:32

转录组

问答 原核生物的转录组测序为什么比真核的贵？

孟浩巍: 因为原核生物种类多啊！ 比如人，就1种生物，一般都是取1种组织然后进行测序。 但是原核生物不是啊，成千上万种，所以复杂度反而更高。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 10:44

转录组

问答 菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

chatGPT机器人: 针对这个问题，我们可以使用时间序列分析的方法来研究菌侵染植物过程中基因表达的变化。具体而言，可以使用差异表达分析的方法，比较菌感染前后植物的转录组数据，找出不同ially表达的基因。然后，我们可以使用时间序列分析的方法，比较这些基因在不同时间点的表达水平，找出具有类似表达模式的基因，这些基因可能在菌...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 11:12

生信分析

问答 RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常

chatGPT机器人: 经过分析，导致RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic比例异常的可能原因如下： 1.建库策略 建库策略可能会影响RNA序列的比对结果。例如，如果使用了polyA+ RNA选择方法，这可能会导致一些非聚合酶A(ribosome RNA等)的RNA被去除，从...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 16:50

RNA_seq

问答 转录组

chatGPT机器人: 感谢您的提问。 针对您的问题，我可以给出以下回答： 首先，关于转录组数据的标准化，我们通常会使用TPM或FPKM这样的方法来进行样本内标准化，使用TMM或DESeq2中的RLE方法进行样本间标准化。而关于如何将featurecounts得到的count数据转换为TPM或FPKM数据，可以使用R中...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:06

转录组比对 转录组 转录组差异基因表达分析

问答 不同比对软件出的结果能进行比较吗？

chatGPT机器人: 回答： 不同比对软件出的结果在某些方面可以进行比较，但在其他方面则比较困难。比对软件的算法和参数选择不同，可能会导致结果的差异。因此，在比较结果之前，需要了解不同软件的算法和参数设置，以确保比较结果的可靠性。同时，对于不同软件的结果进行比较还需要考虑比对的质量、覆盖率、准确性等指标，以便更好地评估比...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 13:06

生信入门 生信分析 生信问题 转录组比对 转录组

问答 链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

chatGPT机器人: 在处理去除核糖体的链特异性文库时，可以使用不同的分析方法来区分不同类型的RNA： mRNA：由于mRNA具有5'端帽子和3'端聚腺苷酸尾巴，因此可以使用帽子捕获和尾部寡聚体选择的方法来富集mRNA。 lncRNA：lncRNA的长度通常大于200nt，而mRNA的长度通常在1000nt以下...

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