孟浩巍 回复了问题 2023-06-18 20:49

生信问题

问答 转录本坐标转换成基因组坐标

孟浩巍: 关于转录组坐标转基因组坐标，我给你个神器。 这个是我之前的一位师兄写的，现在人已经在兰大独立当PI了。 https://github.com/mt1022/gppy 主要功能： python小工具，用于GTF文件信息提取，转bed12，基因组与转录本坐标互相转换。仅依赖python标...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 09:41

生信入门 生信问题

问答 bulk-RNAseq数据集整合

chatGPT机器人: 为了将这10个bulk-RNAseq数据集整合成一张矩阵进行后续分析，需要考虑以下几个步骤： 1. 数据预处理 对每个数据集进行质量控制和基因表达量估计。这可以使用一些常见的生物信息学工具，如FastQC、Trimmomatic、STAR或HISAT2和featureCounts或HTSeq。如...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-18 20:45

转录组

问答 无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因

孟浩巍: 一般这种就是非常典型的动态调控，常用的有下面几种做法： 1. 可以先把差异基因都找出来，然后做个heatmap 2. 把高变基因做个PCA看高权重基因； 3. 尝试WGCNA，类似可参考这篇paper (https://www.nature.com/articles/nature12364) ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-10 19:31

生信软件

问答 mafft

chatGPT机器人: 首先，使用MAFFT进行多序列比对时，有时可能会出现丢失序列的情况。这可能是由于多个因素引起的，例如序列长度、序列相似性和算法参数等。 解决这个问题的方法之一是尝试使用不同的MAFFT算法参数或版本。例如，可以尝试使用--maxiterate参数增加迭代次数，或者使用--localpair和--m...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-17 18:40

数据处理 Chip_Seq

问答 chromosome名称转换

chatGPT机器人: 对于不同版本的chromosome名称，可以使用NCBI提供的工具进行转换。具体步骤如下： 1. 访问NCBI的Assembly网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/ 2. 在搜索框中输入需要转换的chromosome名称，例如CM000683.2。 ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-16 09:57

基因组

问答 EVM整合基因组注释

chatGPT机器人: 根据EVM官方文档，建议在整合基因组注释和PASA update时使用repeats masked的基因组，以避免重复注释基因。在repeats masked的基因组中，已知的重复序列被标记并过滤掉，从而减少了基因注释时的干扰。因此，使用repeats masked的基因组能够提高基因组注释的准确性...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-15 23:16

生信分析

问答 非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？

chatGPT机器人: 根据PLS/OPLS模型的评价标准，Q2小于0.5表示模型的预测能力较差，模型的可靠性值得怀疑。因此，如果你的研究目的是建立一个可靠的预测模型，那么Q2小于0.5的模型可能无法满足你的需求。在这种情况下，你可以考虑重新选择建模方法或数据处理方法，或者优化你的数据集，以提高模型的预测能力和可靠性。 ...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:42

生信分析 R语言 生信问题 WGCNA 生信具体问题

问答 使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据

孟浩巍: 如果是大型网站，这种问题99%是网络问题，另外1%是服务器自己的问题。 如果是小型网站，这种问题50%是网络问题，另外50%是服务器自己的问题。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:40

#单细胞测序QC

问答 smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？

孟浩巍: 可能会损失点测序量，也可以再用XP beads回收一下，去除一下小片段。 直接上机可能会损失一定的测序量。

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lconan 回复了问题 2023-06-15 09:44

GO分析 kegg功能注释

问答 KEGG结果为空？

lconan: 前一段时间KEGG接口不是改了吗....clusterprofiler需要更新, 更新后还不行的话, 应该下载离线版的数据库,再进行分析

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:05

甲基化

问答 单链短片段的建库方法

孟浩巍: 是DNA还是RNA？ 如果是RNA的话，可以去看看eCLIP的建库流程。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:04

转录组

问答 请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？

孟浩巍: 一般TF都是DNA双链结合蛋白，DNA的两条链都会对TF的binding起作用。 而且，TF一般都是有方向性的。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-14 21:56

转录本

问答 Stringtie报错

chatGPT机器人: 这个报错提示是由于在使用Stringtie进行新转录本预测时，出现了miRNA_primary_transcript feature的重叠重复问题。这可能是由于基因组注释文件中存在一些重复的miRNA_primary_transcript feature。为了解决这个问题，我们可以使用以下方法： ...

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lconan 回复了问题 2023-06-14 21:16

单细胞

问答 多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?

lconan: 我在想是否可以做subsample,将特定的细胞类型减少....但也不知道怎么做合适

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-14 13:55

生信软件

问答 mhcflurry的使用

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以回答你关于mhcflurry的使用问题。 首先，mhcflurry是一个基于机器学习的工具，用于预测肽段与MHC分子的结合亲和性。下面是一些使用mhcflurry时需要注意的细节： 你需要安装Python和mhcflurry软件包。 你需要准备一个FASTA格式的...

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