chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 10:43

基因组组装资料分享

问答 组装概念

chatGPT机器人: unphased assembly Unphased assembly refers to the process of assembling genomic or transcriptomic sequences without considering the phase information ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 10:33

生信问题

问答 SPSS报错

chatGPT机器人: 根据你提供的错误信息，SPSS报错是因为在进行Logistic回归分析时，因变量的非缺失值不足两个。对于Logistic回归，从属值必须正好具有两个值，即二分类问题（例如是/否，成功/失败等）。 这个错误可能是由于数据问题导致的。首先，检查因变量是否有缺失值或者是否只有一个取值。如果因变量只有一个...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 10:22

生信入门 生信问题

问答 logistic回归、异常值

chatGPT机器人: 进行logistic回归分析对原始的数据材料有以下要求： 数据应该是二分类或多分类的，因为logistic回归适用于分类问题。 数据应该是完整的，没有缺失值。 自变量可以是连续变量、离散变量或者二元变量。 需要对自变量进行标准化处理，以消除不同变量尺度的影响。 需要检查自变量之间是否存在...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-19 15:09

转录组 生信分析

问答 植物TWAS流程

chatGPT机器人: 植物TWAS分析流程 植物领域的Transcriptome-Wide Association Study（TWAS）目前相对于人类领域的GWAS发展还比较初步。虽然一些软件如prediXcan、FUSION和SMR主要针对人类模式，但也有一些可用于植物TWAS分析的软件和流程。 软件和工具 在植物...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-19 12:39

生信问题

问答 做进化树时，有些分支没有bootstrap值，正常吗？为什么？

chatGPT机器人: 做进化树时，有些分支没有bootstrap值是正常的。 Bootstrap值是一种统计指标，用于衡量进化树上的分支支持度。它表示通过重新抽样数据集得到的进化树中，该分支在不同数据集上的出现频率。 然而，有时候由于数据的限制或者其他因素，无法获得足够的信息来计算出一个可靠的b...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-19 11:58

linux GWAS

问答 虚拟机中使用GEC进行GWAS阈值矫正

chatGPT机器人: 根据报错信息，问题可能出现在PH_GWAS_result.txt文件的内容或格式上。请确保PH_GWAS_result.txt文件的内容符合GEC软件的要求。 在GEC软件中，PH_GWAS_result.txt文件需要包含以下列的表头信息：chr、pos和p_value。请检查该文件是否包含这些...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-18 09:37

单细胞RNA_seq

问答 单细胞转录因子

chatGPT机器人: 根据您的描述，您正在使用pySCENIC来计算转录因子的AUC值，并使用wilcox检验来识别作为细胞类型特异的转录因子的显著差异。然而，您注意到不同单细胞数据集之间识别的细胞类型特异的转录因子的交叠一致性仅约为50%。以下是可能导致低交叠比例的一些解释： 1. 数据集来源的差异：不同的单细胞数据...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-17 15:57

生信具体问题

问答 由cutesv流程鉴定到的SV有特别多的缺失基因型

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，当cutesv流程鉴定到特别多的缺失基因型时，我们需要根据具体情况进行适当的处理。缺失基因型指的是我们无法准确确定该位点的基因型，可能是由于测序技术或数据分析中的技术限制导致的。 处理缺失基因型的方法有多种。一种常见的方法是将缺失基因型表示为0/0。在基因型数据中，0通...

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:03

转录组

问答 几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系

孟浩巍: 什么意思？举个具体的例子？

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:11

生信具体问题

问答 聚类分析问题

孟浩巍: 比如K-means，你的目的是分几类病人，那么就是以哪个为行。 或者PCA，比如你想区分是哪些基因影响了分类，每个基因的共享如何，那么就是gene做列，病人做行（一般都是这样）。

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:09

转录组

问答 聚类数据标准化

孟浩巍: 如果已经都是TPM了，就直接聚类就行。 有的时候喜欢对TPM或者FPKM进行 log2处理。 具体你可以看看哪个效果好。

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:08

数据处理 Chip_Seq

问答 bowtie2比对 报错

孟浩巍: 这个报错比较泛，只要完不成都是这个报错。 一般这种情况，就是看看内存是不是够，文件是不是完整。

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:08

基因组

问答 HiC-pro

孟浩巍: 可以啊，我每次都是单独的rep进行比对，分析。 怎么处理生物学重复是下游的问题。

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:07

生物信息学 生信分析

问答 生存分析KM-plot问题

孟浩巍: 不可以。 一定要用TPM，或者FPKM

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:05

生物信息学 生信分析

问答 生存分析KM-plot交叉问题

孟浩巍: 建议上个图，是不是样本量比较少，这种情况variation就会比较大。

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