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Picard Markduplicate

生信分析

请教关于chipseq分析的两个问题：

1.picard MarkDuplicates是根据什么原理条件进行标记去重复的？

2.bam文件使用picard去重后，怎么统计deduplicate reads的数值呢？谢谢！

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-08-15 17:14

picard 是根据reads的起始和终点来判断的，比如双端测序，能确定这两条reads R1和R2的起点和终点，拥有相同起点和终点的都算dup；
picard运行完输出一个matrix文件，里面有。

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发布时间: 2023-07-31 11:24

更新时间: 2023-08-15 17:14

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