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无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因

转录组

在一组菌侵染植物的转录组数据中，下机数据为菌和植物的转录组数据，适合时序分析，如何寻找其差异表达基因？找到差异基因后如何寻找在同一时间内，菌和植物中相互关联的基因？还有一类相互关联的基因，比如菌在1h侵染后，植物在4h才开始响应调控表达，如何寻找这类基因？

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-18 20:45

一般这种就是非常典型的动态调控，常用的有下面几种做法：

1. 可以先把差异基因都找出来，然后做个heatmap

2. 把高变基因做个PCA看高权重基因；

3. 尝试WGCNA，类似可参考这篇paper (https://www.nature.com/articles/nature12364)

其中就是利用WGCNA解决每个发育时期的响应基因的。

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发布时间: 2023-06-18 16:02

更新时间: 2023-06-18 20:45

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