你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗？

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单细胞转录因子

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Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？

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请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？

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在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？

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转录组定量结果为0

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用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响

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单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？

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在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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关于生存分析的问题

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问 ciriRNA表达量如何计算？（更）

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问 基因表达

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问 如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?

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问 绵羊转录组测序后差异表达基因太多了

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问 用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？

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问 进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

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问 请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

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问 不同比对软件出的结果能进行比较吗？

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问 肿瘤亚型分析

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问 ciriRNA表达量如何计算？

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