harmony处理批次效应 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3356: 浏览

harmony处理批次效应

单细胞RNA_seq

假如现在有sampleA，sampleB两个样本，在合并之前，是否需要单独对sampleA 和sampleB做FindVariableFeatures，ScaleData，RunPCA呢？还是直接合并sampleA 和sampleB的seurat对象，合并之后统一去做？然后再进行harmony

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

前台管理员用户来自于: 北京市
2023-05-25 13:53

个人建议是，在做样本合并之前，先对每个样本单独进行FindVariableFeatures，得到每个样本的高变异基因（hvf），而后取样本hvf的并集，作为后续合并完成的SeuratObject的hvf，这样可以保证每个数据集的差异特征尽可能的保留。而后，再对合并完成的SeuratObject进行ScaleData和RunPCA的操作，然后再RunHarmony进行批次效应矫正。

赞同 1 0评论

问题动态

发布时间: 2023-05-23 15:44

更新时间: 2023-05-25 13:53

关注人数: 2 人关注

相关问题

芯片数据去除批次效应一般用什么软件如何操作？: 1879 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

harmony整合样本前需要分别预处理吗？: 2881 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

公司双端测序的数据R1R2处理: 3054 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

缺失值处理: 2495 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 2580 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 3743 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

二代转录组去除批次效应: 3838 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

运行harmony后counts数变成小数: 2021 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？: 2243 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

样本批次问题: 2163 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 pseudobulk分析: 3792 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 harmony整合样本前需要分别预处理吗？: 2881 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点: 2542 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问单细胞转录因子: 2251 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小: 3464 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问整合scRNA和scATAC相关问题请教: 3164 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问单细胞monocle3，路径很不对，有什么参数是值得调的吗: 3375 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗？: 2800 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 infercnv运行报错: 6445 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞: 5108 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025