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ATAC-seq绘制TSS富集图

生信分析

在用过滤后的bam转换为bw后，使用deeptools绘制TSS富集图时，无论是区分为<120bp和>120bp两组、还是区分正负链，得到的pattern都是在TSS右侧有富集而不是在TSS有富集，我使用的代码之一是

computeMatrix reference-point -S sample1.pos.bigwig sample1.neg.bigwig -R UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed random_RmBlackList.bed --referencePoint TSS --beforeRegionStartLength 5000 --afterRegionStartLength 5000 --binSize 50 --numberOfProcessors 15 -o groupby_strand.profile.mat.gz --outFileNameMatrix groupby_strand.tab --samplesLabel positive negative

是否是输入的bed有问题或者其他问题？附绘制的热图结果和输入的bed文件格式示例。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-23 15:15

我的建议是，你把 UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed 这个文件里的-链基因全部删除，再重新试试。

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这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-23 12:16

更新时间: 2023-05-23 15:51

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