ATAC-seq绘制TSS富集图 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3039: 浏览

ATAC-seq绘制TSS富集图

生信分析

在用过滤后的bam转换为bw后，使用deeptools绘制TSS富集图时，无论是区分为<120bp和>120bp两组、还是区分正负链，得到的pattern都是在TSS右侧有富集而不是在TSS有富集，我使用的代码之一是

computeMatrix reference-point -S sample1.pos.bigwig sample1.neg.bigwig -R UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed random_RmBlackList.bed --referencePoint TSS --beforeRegionStartLength 5000 --afterRegionStartLength 5000 --binSize 50 --numberOfProcessors 15 -o groupby_strand.profile.mat.gz --outFileNameMatrix groupby_strand.tab --samplesLabel positive negative

是否是输入的bed有问题或者其他问题？附绘制的热图结果和输入的bed文件格式示例。

好问题 2 评论收藏举报

附件列表

test.doc 372KB: 下载

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-23 15:15

我的建议是，你把 UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed 这个文件里的-链基因全部删除，再重新试试。

赞同 0 2评论

关于作者

: SeaWestKing 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-23 12:16

更新时间: 2023-05-23 15:51

关注人数: 2 人关注

相关问题

人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？: 2194 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问如何使用R语言绘制散点图: 1946 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

ATAC-seq与RNA-seq的联合分析: 1330 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略: 1694 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 2187 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何批量绘制多条折线: 2183 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ATAC-seq样本重复数: 1576 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？: 2391 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何计算富集分析里的差异倍数: 1587 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

无参基因组分析GO富集到了这一步不会做: 951 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

推荐内容

问 bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）: 3203 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping: 2002 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 1364 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？: 1547 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 1890 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 23年生信NCCL室间质评: 1942 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 2043 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问请问如何查询某基因的详细的Biological Function？: 1360 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 2196 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Bowtie2使用中遇到的内存不足问题: 2039 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025