使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3337: 浏览

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错Mapping left_kept_reads to genome xxxx with Bowtie [FAILED]，原始代码

For single-read sequencing

TopHat2/TopHat-Fusion

tophat2 -a 6 --microexon-search -m 2 -p 10 -G knownGene.gtf -o tophat hg19_bowtie2_index RNA_seq.fastq
bamToFastq -i tophat/unmapped.bam -fq tophat/unmapped.fastq
tophat2 -o tophat_fusion -p 15 --fusion-search --keep-fasta-order --bowtie1 --no-coverage-search hg19_bowtie1_index tophat/unmapped.fastq

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-23 09:39

目前只看报错不能判断问题。

chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。

1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？

2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？

能复现错误，之后才好进一步排查。

赞同 0 0评论

关于作者

: m_79ebf5bf0169deebb7c741e4d3cb8be7 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-22 21:30

更新时间: 2023-05-23 09:39

关注人数: 2 人关注

相关问题

seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 2217 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

不同样品中寻找特异的OTU: 2866 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

软件安装问题——使用ubuntu出现的问题: 2689 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 2815 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

bowtie2使用报错，求助啦: 3015 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

有关Termius的使用: 3584 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

mhcflurry的使用: 2702 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？: 2318 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

htseq使用出现故障: 2300 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 2991 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 kraken2软件运行时内存分配的问题: 4777 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 cellranger使用问题: 3619 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问由cutesv流程鉴定到的SV有特别多的缺失基因型: 2334 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问科研/读博: 3036 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 SPSS报错: 2638 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 pheatmap画图的数据导入问题: 3379 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问做进化树时，有些分支没有bootstrap值，正常吗？为什么？: 3582 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？: 2921 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 IOBR包输入基因表达矩阵要求: 2372 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026