使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3039: 浏览

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错Mapping left_kept_reads to genome xxxx with Bowtie [FAILED]，原始代码

For single-read sequencing

TopHat2/TopHat-Fusion

tophat2 -a 6 --microexon-search -m 2 -p 10 -G knownGene.gtf -o tophat hg19_bowtie2_index RNA_seq.fastq
bamToFastq -i tophat/unmapped.bam -fq tophat/unmapped.fastq
tophat2 -o tophat_fusion -p 15 --fusion-search --keep-fasta-order --bowtie1 --no-coverage-search hg19_bowtie1_index tophat/unmapped.fastq

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-23 09:39

目前只看报错不能判断问题。

chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。

1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？

2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？

能复现错误，之后才好进一步排查。

赞同 0 0评论

关于作者

: m_79ebf5bf0169deebb7c741e4d3cb8be7 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-22 21:30

更新时间: 2023-05-23 09:39

关注人数: 2 人关注

相关问题

请问hemmer是否可以使用转录组搜索HMM库？: 2181 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc: 2962 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？: 2647 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？: 2097 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因: 2806 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

软件安装问题——使用ubuntu出现的问题: 2410 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 2564 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用Trimmomatic切除接头后做FASTQC: 2501 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 3685 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？: 2291 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop: 3680 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问关于基因间的相关性分析: 2743 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 1864 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用lapa进行APA分析: 2318 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问聚类分析问题: 2898 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 2621 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 atac重复样品可视化: 2514 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 computeMatrix画图问题: 3378 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 3423 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025