使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2812: 浏览

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错Mapping left_kept_reads to genome xxxx with Bowtie [FAILED]，原始代码

For single-read sequencing

TopHat2/TopHat-Fusion

tophat2 -a 6 --microexon-search -m 2 -p 10 -G knownGene.gtf -o tophat hg19_bowtie2_index RNA_seq.fastq
bamToFastq -i tophat/unmapped.bam -fq tophat/unmapped.fastq
tophat2 -o tophat_fusion -p 15 --fusion-search --keep-fasta-order --bowtie1 --no-coverage-search hg19_bowtie1_index tophat/unmapped.fastq

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-23 09:39

目前只看报错不能判断问题。

chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。

1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？

2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？

能复现错误，之后才好进一步排查。

赞同 0 0评论

关于作者

: m_79ebf5bf0169deebb7c741e4d3cb8be7 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-22 21:30

更新时间: 2023-05-23 09:39

关注人数: 2 人关注

相关问题

当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？: 2499 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 5382 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问一下，使用conda install deeptools之后，出现如下报错，如何解决呢？: 2517 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

R语言中，不使用pheatmap画出的热图，怎么加上颜色变化的图例: 2127 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 1833 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

cellranger使用问题: 3095 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因: 2574 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 4027 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？: 2555 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用fastp软件对fastq文件质控的问题: 3074 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 3393 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问关于GO分析的问题: 1687 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 linux系统中使用fastqc报错: 3294 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

问使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错: 2635 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 2253 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问利用GATK的HaplotypeCaller生成GVCF一直报错怎么回事: 2877 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值: 3237 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 unicycler混合拼接结果是否还需要纠错: 2333 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。: 1960 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025