使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1013: 浏览

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错Mapping left_kept_reads to genome xxxx with Bowtie [FAILED]，原始代码

For single-read sequencing

TopHat2/TopHat-Fusion

tophat2 -a 6 --microexon-search -m 2 -p 10 -G knownGene.gtf -o tophat hg19_bowtie2_index RNA_seq.fastq
bamToFastq -i tophat/unmapped.bam -fq tophat/unmapped.fastq
tophat2 -o tophat_fusion -p 15 --fusion-search --keep-fasta-order --bowtie1 --no-coverage-search hg19_bowtie1_index tophat/unmapped.fastq

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-23 09:39

目前只看报错不能判断问题。

chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。

1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？

2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？

能复现错误，之后才好进一步排查。

赞同 0 0评论

关于作者

: m_79ebf5bf0169deebb7c741e4d3cb8be7 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-22 21:30

更新时间: 2023-05-23 09:39

关注人数: 2 人关注

相关问题

常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？: 1015 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？: 695 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图: 2079 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

R语言中，不使用pheatmap画出的热图，怎么加上颜色变化的图例: 1088 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因: 1001 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问如何使用R语言绘制散点图: 923 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 1019 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

虚拟机中使用GEC进行GWAS阈值矫正: 848 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

htseq使用出现故障: 588 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

GATK和Samtools联合寻找变异: 1046 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 how to speed up following code: 713 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 computeMatrix画图问题: 971 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 cellranger使用问题: 1196 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 bulk-RNAseq数据集整合: 1075 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。: 742 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Protein-Protein Docking 膜蛋白受体研究: 765 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 851 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问蛋白保守序列分析: 588 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问启动子染色质开放性: 897 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？: 1282 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024