单细胞seurat对象的基因过滤 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

1: 关注

4283: 浏览

单细胞seurat对象的基因过滤

单细胞seurat对象x，在质控(去掉线粒体基因表达比例>10%的细胞等)之后，想去除线粒体基因和核糖体基因等，应该如何操作呢？尝试了如下代码：mito_genes <- grep("^mt-", rownames(x), value = TRUE)
x <- subset(x, features = !rownames(x) %in% mito_genes)没有成功

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 3 个回答

Ezio_2023 注册会员用户来自于: 云南省昆明市呈贡县
2023-05-18 16:01

如果你的不是人的话，上面的应该不行，建议从gtf里面提取线粒体的基因来做，我这个是猴子的

mt.genes <- c("ND1","ND2","COX1","COX2","ATP8","ATP6","COX3","ND3","ND4L","ND4","ND5","ND6","CYTB")
obj[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(obj, features = mt.genes[mt.genes %in% rownames(RTT4)])
obj[["percent.ribo"]] <- PercentageFeatureSet(obj, pattern = "^RP[L|S]")

赞同 0 4评论

关于作者

: SeaWestKing 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-18 15:39

更新时间: 2023-05-18 17:06

关注人数: 1 人关注

相关问题

RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值: 1361 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？: 1526 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因组文件中chrUn具体是什么意思呢: 1082 浏览 0 关注 0 回答 1 评论

知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？: 1746 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

植物基因组组装过程中如何去除质体序列: 1557 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

细菌基因组分析: 1526 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

一般报告基因组某个碱基突变是指正链还是负链: 1204 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞多样本熵分析样例代码: 1663 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？: 1680 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

无参基因组分析GO富集到了这一步不会做: 884 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

推荐内容

问 scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？: 1656 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 DoubletfFinder Pk值相关计算的问题: 1802 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问单细胞亚类聚类和相关细胞分析: 1347 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 monocle3中plot_cells更改其画出来的细胞群的颜色: 2667 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc: 1792 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞转录因子: 1443 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 cellranger运行结果分析: 1532 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 1792 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞monocle3，路径很不对，有什么参数是值得调的吗: 1807 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025