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单细胞seurat对象的基因过滤

单细胞seurat对象x，在质控(去掉线粒体基因表达比例>10%的细胞等)之后，想去除线粒体基因和核糖体基因等，应该如何操作呢？尝试了如下代码：mito_genes <- grep("^mt-", rownames(x), value = TRUE)
x <- subset(x, features = !rownames(x) %in% mito_genes)没有成功

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Ezio_2023 注册会员用户来自于: 云南省昆明市呈贡县
2023-05-18 16:01

如果你的不是人的话，上面的应该不行，建议从gtf里面提取线粒体的基因来做，我这个是猴子的

mt.genes <- c("ND1","ND2","COX1","COX2","ATP8","ATP6","COX3","ND3","ND4L","ND4","ND5","ND6","CYTB")
obj[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(obj, features = mt.genes[mt.genes %in% rownames(RTT4)])
obj[["percent.ribo"]] <- PercentageFeatureSet(obj, pattern = "^RP[L|S]")

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发布时间: 2023-05-18 15:39

更新时间: 2023-05-18 17:06

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