Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

3: 关注

1586: 浏览

Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

[attach]37[/attach] 如图所示，这个图该如何解读？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 23:09

MAplot是一个非常好的质控图，无论是在芯片数据分析中还是在RNA-Seq数据分析中都是经常使用的。假设有ctrl和treat两组数据，gene K的表达量分别是 ctrl[K] 和 treat[K]， MAplot的X轴就是每一个gene的几何平均数的log2值， M[K] = 0.5 * log2(ctrl[K] * treat[K]); 这个几何平均数的log2值就可以衡量这个gene的大概表达量，是高表达gene还是低表达gene. MAplot的Y轴就是每个gene的log2 FoldChange， A[K] = log2(treat[K] / ctrl[K])，这个量表达的是变化关系，0表示没变化，大于0表示treat中升高，小于0表示降低。那么MAplot的意义是什么呢？这个主要和我们的基本假设有关系，我们一般在做芯片或者是RNA-Seq分析的时候，都默认绝大多数的gene不发生变化，高表达的gene不发生变化。因此，在MAplot中，我们应该看到： 1. 绝大多数的点，Y轴都在0附近； 2. X轴很靠右的点，几乎不怎么发生变化； 3. 发生显著性变化的点，比较均匀地分布在X，Y轴的两侧。如何不满足上面的特点，就说明要对数据进行校正，使其满足我们的基本假设，才能够进行下一步的统计检验。

赞同 4 0评论

关于作者

: fcdslz 超级管理员
这家伙很懒，还没有设置简介

13: 回答

1: 文章

12: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-24 15:31

更新时间: 2018-08-24 23:09

关注人数: 3 人关注

相关问题

二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 1407 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

根据Barcode序列进行样本拆分？: 1910 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

perl的如何进行读取和循环的: 1321 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响？: 1590 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 1238 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？: 1182 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 1733 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?: 1412 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 1531 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

macs2进行peak calling: 1637 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问想问一个RNA-Seq的流程问题: 1068 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于cufflinks中cuffdiff的使用问题。: 1087 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问基因表达芯片的分类问题: 1431 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 RNA-seq count值和fpkm值不对应: 2096 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？: 1182 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？: 727 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？: 1119 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RNA-seq差异分析: 1386 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 WGCNA中的TOM热图绘制: 1548 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025