根据您提供的信息，通过ArchR流程进行sc-ATAC数据分析时，您发现TSS富集得分很低，只有很少部分的细胞通过了minTSS设置的阈值。基于这一情况，我们可以从以下几个方面来评估数据质量和是否可以继续使用： 1. 数据质量评估：首先，您可以检查数据的测序质量，包括查看测序深度和比对率。如果测序深度低于推荐的阈值或比对率不理想，可能会影响到分析结果的可靠性。 2. TSS富集得分低的原因：TSS富集得分反映了基因转录起始位点（TSS）的丰度，用于评估细胞的活跃基因转录水平。低的TSS富集得分可能是由于实验操作、细胞类型特异性或技术限制等多种因素引起的。您可以进一步检查这些细胞的其他质量指标，比如PCR重复率、峰值对应的片段大小等，以确定是否存在其他数据质量问题。 3. 数据过滤与标准设定：minTSS的设定阈值是为了筛选出具有较高TSS富集得分的细胞，以便后续分析。但是，根据研究的目的和样本特点，您可以重新评估该阈值的设定是否合理。也可以尝试调整阈值或使用其他过滤标准来筛选细胞，比如基于峰值数目或其他质量指标。 综上所述，虽然TSS富集得分低可能暗示部分细胞在这个阈值下未通过质控，但仍然需要综合考虑其他质量指标和实验特点，以确定数据的可靠性和是否可以继续使用。如果其他质量指标良好，并且您对选择的阈值和数据过滤标准有充分的理由，那么您可以继续使用这批sc-ATAC数据进行后续分析。