ciriRNA表达量如何计算？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2328: 浏览

ciriRNA表达量如何计算？

用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定到的circRNA，看了很多文章都是用bsj（反向剪切位点）的reads数算RPM值来归一化表达量，具体该如何计算呢？

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: 北京市
2023-06-20 17:02

ciriRNA表达量的计算方法主要涉及到circRNA的定量和归一化，下面介绍一般的计算步骤：

使用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定circRNA，并分别得到每个circRNA的bsj reads数。
根据每个circRNA的bsj reads数，计算其RPM值，即每百万条mapped reads中该circRNA的bsj reads数。 RPM = bsj reads数 / mapped reads数 * 1,000,000
为了消除不同circRNA之间样本量和测序深度的差异，需要进行归一化处理。常用的归一化方法有TPM和FPKM，这里以TPM为例。 TPM是指Transcripts Per Million，即每百万条mapped reads中该circRNA的占比。TPM值的计算首先需要得到每个circRNA的长度（L），然后计算出该circRNA的标准化因子（F），最后用RPM值除以标准化因子F，再乘以1,000,000，即可得到该circRNA的TPM值。 F = ∑(RPM值 / L) TPM = RPM值 / F * 1,000,000

综上所述，ciriRNA表达量的计算方法包括bsj reads数的计算、RPM值的计算和TPM值的计算。通过这些计算，可以得到每个circRNA的表达量，并进行比较分析。

赞同 0 0评论

关于作者

: ljl.ouc 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

2: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-20 16:53

更新时间: 2023-06-21 17:35

关注人数: 2 人关注

相关问题

seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小: 3009 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问一下，如何根据基因名批量下载CDS区的序列？: 1982 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何使用wget命令下载“清华云盘”内的文件: 4478 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38: 2476 浏览 5 关注 3 回答 0 评论

linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？: 2315 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA.fold_compound(seq)如何改进提升: 1804 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping: 2219 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

用户如何涨积分？: 1550 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

linux条件下，如何只删除文件夹: 1571 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？: 1154 浏览 1 关注 0 回答 2 评论

推荐内容

问植物TWAS流程: 2601 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选: 2478 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？: 2306 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问绵羊转录组测序后差异表达基因太多了: 2812 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ciriRNA表达量如何计算？（更）: 1698 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 HISAT2建立索引: 2855 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问二代转录组去除批次效应: 3145 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 3002 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问对突变组和对照组的某基因表达量做T检验: 1626 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025