该问题已被锁定!
2
关注
803
浏览

两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-16 11:37
根据问题描述,分析结果中出现差异的原因可能是第二次分析时设置了不标记去重。在第一次分析中,可能存在多个reads覆盖到该位点,其中一个reads被标记为C碱基,而在第二次分析中,由于不去重,可能存在多个相同的reads,其中不含C碱基的reads数量增加了,导致原本被标记为C碱基的那个reads没有被保留下来,从而导致该位点C碱基的reads数从1变为0。
孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-06-17 11:01

大概率你是pair end(双端)测序。

去重的时候,是按照序列的5’端和3‘端进行去除的。

因此可能带有突变的序列被去重了。

关于作者

问题动态

发布时间
2023-06-16 11:30
更新时间
2023-06-17 11:01
关注人数
2 人关注

推荐内容

二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?
人源细胞系ATAC-seq比对率较低,显示支原体污染,如何处理?
如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号?
为什么单端测序的数据解压会出现多个文件?
根据Barcode序列进行样本拆分?
来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗?
双端测序一定要paired去mapping吗?
可否将比对软件的输出文件直接输出到内网的NAS设备中
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024