该问题已被锁定!
2
关注
3304
浏览

用scanpy做单细胞分析,如何去除周期细胞的影响

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-07 17:14

在Scanpy中去除周期细胞的影响可以通过以下步骤实现:

  1. 使用细胞周期基因集对单细胞数据集进行细胞周期分析
  2. 使用回归方法将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正

具体实现步骤如下:

  1. 使用CellCycleScoring函数计算细胞周期分数。
  2. 代码示例:

    sc.tl.score_genes_cell_cycle(adata, s_genes=s_genes, g2m_genes=g2m_genes)
  3. 将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正,可以使用AnnData对象的regress函数实现:
  4. 代码示例:

    sc.pp.regress_out(adata, ['S_score', 'G2M_score'])

关于作者

问题动态

发布时间
2023-06-07 17:05
更新时间
2023-06-07 17:14
关注人数
2 人关注

相关问题

单细胞RNA-seq分析流程
知道一批基因的具体位置,如何批量的从基因组中取出基因序列?
WES数据下游分析和可视化结果展示
请问一下,如何将登陆服务器局域网的ip设置为静态的呢?
Hichip得到loop数据如何注释?
如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?
sRNA_seq分析
群体进化,重测序,选择分析
annovar建立非模式物种注释库后怎么分析
sudo apt-get install gcc++出现如下报错该如何解决?系统是:ubuntu14 server 版

推荐内容

空转bin_size
空转bin_size
整合scRNA和scATAC相关问题请教
如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据?
单细胞monocle3,路径很不对,有什么参数是值得调的吗
单细胞——小鼠T细胞注释的markers
运行harmony后counts数变成小数
去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析?
使用seurat包,导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题
seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025