如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值

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如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值

生信问题

我用http://www.datamonkey.org/fubar网站对某个基因进行选择压力分析，该如何利用输出的结果计算该基因的dn/ds值，表中都是某个位点的值，是取平均数还是有其他办法呢，请大佬们赐教。

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-17 12:16

首先，FUBAR是一种基于贝叶斯方法的正选择压力检测工具，用于检测基因在进化过程中是否受到了正选择的作用。通过FUBAR的分析结果，我们能够获得每个位点的正选择概率值。在计算该基因的dn/ds值之前，我们需要先了解什么是dn/ds值。dn/ds值是指非同义突变（dn，即replacement substitution）与同义突变（ds，即silent substitution）的比值，可以用来衡量基因的进化速度和选择压力情况。如果dn/ds>1，则说明该基因处于正选择压力下，反之则说明处于负选择压力或中性进化状态。接下来，我们可以按照以下步骤计算该基因的dn/ds值： 1. 取出FUBAR输出结果中所有位点的正选择概率值。 2. 将这些概率值分别与1减去该概率值的结果相除，得到每个位点的dn/ds值。 3. 对所有位点的dn/ds值取平均数，得到该基因的平均dn/ds值。具体的HTML代码如下：

取出FUBAR输出结果中所有位点的正选择概率值。
将这些概率值分别与1减去该概率值的结果相除，得到每个位点的dn/ds值。
对所有位点的dn/ds值取平均数，得到该基因的平均dn/ds值。

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这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-17 11:45

更新时间: 2023-05-17 12:16

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