[b]我有一组数据大概是这样的，6个样品，每个设置两个不同的处理，数据测量完成之后进行T测验得到以下数据。[/b]   [b]想用ggplot2画出柱状图，同时加上误差线和差异显著性的星号（每个处理的柱子中间）。[/b] [b]类似下面的这种：[/b] [attach]217[/attach]     数据如下： [attach]218[/attach]   我试着写了如下代码：[code]library(ggplot2) library(Cairo) data.t.test <- read.csv("tmp.csv") # 构建画星号所需要的数据框 sample.list.t <- c("A1","B1","C1","D1","E1","F1") star.data <- data.frame(sample.list.t) names(star.data) <- c("Sample") # 根据不同处理的数值大小，星号的高度要高于数值较大的那个处理 for(i in factor(sample.list.t)){ value.OSPH <- data.t.test$Average[data.t.test$Sample==i & data.t.test$Type=="OSPH"] value.TSPH <- data.t.test$Average[data.t.test$Sample==i & data.t.test$Type=="TSPH"] if(as.numeric(value.OSPH) >= as.numeric(value.TSPH)){ star.data$Average[star.data$Sample==i] <- (value.OSPH * 1.05) }else{ star.data$Average[star.data$Sample==i] <- (value.TSPH * 1.05) } P.value <- data.t.test$P.value[data.t.test$Sample==i & data.t.test$Type=="TSPH"] if(as.numeric(P.value) <= 0.01){star.data$Lable[star.data$Sample==i] <- "**"} if(as.numeric(P.value) > 0.01 & as.numeric(P.value)<=0.05){star.data$Lable[star.data$Sample==i] <- "*"} }[/code] 可以得到画星号所需的数据如下： [attach]216[/attach][code]CairoPNG(filename = "t-test.png", width = 8000, height = 5000, res = 600) #### 困扰就在这里，感觉我不应该把映射设置在这里，但我也搞不清楚应该设置在哪里，求解释。 p <- ggplot(data=data.t.test,mapping=aes(x=Sample,y=Average,fill = Type, ymin = Average-SE, ymax = Average+SE)) # 柱状图的图层 fig1 <- p + geom_bar(stat = "identity",position = "dodge",width = 0.65) + xlab("Samples") + ylab("HD") + theme(panel.background = element_rect(fill="white"), axis.title = element_text(family="Times New Roman",size=16,face="bold",color="black"), axis.text.x = element_text(family="Times New Roman",size=16,face="bold",color="black"), axis.text.y = element_text(family="Times New Roman",size=11,face="bold",color="black"), legend.text = element_text(family="Times New Roman",size=16,face="bold",color="black"), legend.position = "top", legend.title = element_blank() ) # 加误差线 fig2 <- fig1 + geom_errorbar(position="dodge", width=0.65, size=0.7,colour="darkblue") # 加星号 fig2 + geom_text(data=star.data,aes(x=Sample,y=Average,label=star.data$Lable)) dev.off()[/code]得到如下报错：[code]> fig2 + geom_text(data=star.data,aes(x=Sample,y=Average,label=star.data$Lable)) Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'Type' not found[/code]