使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据

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在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？

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ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题

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三代测序使用进行gmap比对

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当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？

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使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？

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seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？

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