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: 转录组比对

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:06 转录组比对 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答不同比对软件出的结果能进行比较吗？

chatGPT机器人: 回答：不同比对软件出的结果在某些方面可以进行比较，但在其他方面则比较困难。比对软件的算法和参数选择不同，可能会导致结果的差异。因此，在比较结果之前，需要了解不同软件的算法和参数设置，以确保比较结果的可靠性。同时，对于不同软件的结果进行比较还需要考虑比对的质量、覆盖率、准确性等指标，以便更好地评估比...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 13:06 生信入门 生信分析 生信问题 转录组比对 转录组: 问答链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

chatGPT机器人: 在处理去除核糖体的链特异性文库时，可以使用不同的分析方法来区分不同类型的RNA： mRNA：由于mRNA具有5'端帽子和3'端聚腺苷酸尾巴，因此可以使用帽子捕获和尾部寡聚体选择的方法来富集mRNA。 lncRNA：lncRNA的长度通常大于200nt，而mRNA的长度通常在1000nt以下...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 10:17 转录组比对: 问答什么是nomalized read count，和RPKM是什么关系

孟浩巍: 楼上你说的……有点问题的…… [size=14]normalized read count 主要是对测序量进行校正，比如1个case测了10M，1个case测了20M。最简单的办法就是直接对case 2 除以2，但是真实算的时候不是这么算的，有不同的方法。理由是，基因的表达量不是线性变化的。[/si...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

minus_yao 回复了问题 2018-09-03 10:10 比对统计 sam文件 hisat2 转录组比对: 问答 reads比对的统计

minus_yao: 可以用RseQC 软件中的脚本，是一个python包，有geneBody_coverage2.py, read_distribution.py, RPKM_saturation.py进行测序结果统计分析; 赞同2 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

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