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综合问题文章简介

海王坑 回复了问题 2018-09-07 23:44 生信入门: 问答基因互作网络和蛋白互作网络

海王坑: http://stitch.embl.de/蛋白互作; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

展翔逝时 回复了问题 2018-09-06 14:08 生信入门 数据处理: 问答去除数据中特异值的方法

展翔逝时: [url=https://onenote.com/webapp/pages?token=K10emmh5SYkW-ciU_U-05-CIYGbQ4Vei1fVGM-F0i6uak42LQlmv2B6IGu4TBWZS3mgdp6SLVhLBn6IgiyjAy8plsG7T-eT50undefined...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

海王坑 回复了问题 2018-09-05 10:55 生信入门: 问答【求助】差异表达和特异表达

海王坑: 这个公式文章的链接能不能发一个我觉得可以同时用这两种方法分析，相互验证或者取个交集，再下结论是这些基因导致品系差别; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

韩逸青 回复了问题 2018-09-03 14:47 生信入门: 问答生物信息学需要对哪些方面的数学知识进行深入研究

韩逸青: 好的多谢孟神; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-02 10:52 生信入门: 问答【求助】如何确定时期特定表达基因

孟浩巍: 1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca...; 赞同2 反对 0 人感谢 3 评论 1 回复

Kevin_Lyu 回复了问题 2018-09-01 16:27 生信入门: 问答安装anaconda时conda命令无法起作用

Kevin_Lyu: 在运行结束后你有再次输入source ~/.bashrc吗？如果没有，输入运行之后在看看conda能不能使用，如果运行了可能是你环境变量没有添加成功，需要添加conda到环境变量中; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 5 回复

pagu 回复了问题 2018-08-27 21:56 生信入门: 问答请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了

pagu: 额……神奇的我保留了一份，看一下可以用不，理论上说应该没问题，这貌似是个二进制文件，不用安装直接使用的那种; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-25 13:05 生信入门: 问答亲问大家有没有chip-seq入门相关的教程？

孟浩巍: 我觉得，ChIP-Seq最标准的流程，当然是跟着ENCODE的pipeline走咯！ [url=https://www.encodeproject.org/pages/pipelines/#DNA-binding]ENCODE-ChIP-Seq处理pipeline[/url]; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 5 回复

Eric 回复了问题 2018-08-24 10:33 生信入门: 问答 seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？

Eric: 常用的例子都有 [url]https://github.com/lh3/seqtk[/url]; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

灵动的小猪 回复了问题 2018-08-24 00:32 生信入门 Gene ID转换: 问答【求助】如何确定一种基因ID的类型

灵动的小猪: 对于NR,NM,XM一类的，根据前面的编号看是什么类型的ID。而你的这个玉米的基因，Zm0000开头的是第四版的ID，GRMZM开头的是第三版的ID，可以在maizegdb网站首页下载他们的对应关系，同时也可以使用ensembl的biomart来进行版本的转换。; 赞同3 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

minipeach 回复了问题 2018-08-23 21:58 生信入门 R Bioconductor GEOquery: 问答 GEOquery下载GEO数据软件报错

minipeach: 我觉得你可以尝试先设置一下工作目录，看能不能解决。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 15:52 生信入门: 问答在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？

孟浩巍: 从报错的角度来说，是压缩文件解压缩的时候报错。一般出现这个问题，是文件完整性的问题，建议检查文件的MD5，如果是gz格式压缩的文件，可以使用： [code]gzip -t filename.gz [/code]来检测文件的压缩是不是有问题。; 赞同2 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

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