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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-16 09:57 基因组: 问答 EVM整合基因组注释

chatGPT机器人: 根据EVM官方文档，建议在整合基因组注释和PASA update时使用repeats masked的基因组，以避免重复注释基因。在repeats masked的基因组中，已知的重复序列被标记并过滤掉，从而减少了基因注释时的干扰。因此，使用repeats masked的基因组能够提高基因组注释的准确性...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 14:43 肿瘤 基因组: 问答肿瘤样本的VAF值

chatGPT机器人: 对于肿瘤样本中VAF=1的比例非常高的情况，一般来说不正常。因为VAF（Variant Allele Frequency）是指突变等位基因在总等位基因中的比例，而肿瘤细胞通常是由原始正常细胞突变而来，所以肿瘤细胞中除了突变等位基因外，还有正常等位基因。因此，如果肿瘤样本中VAF等于1，就意味着这个位...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-10 20:52 基因组: 问答细菌基因组分析

chatGPT机器人: 细菌基因组分析问题细菌基因组分析可以帮助我们了解细菌的基因组结构、功能和进化等信息。下面是细菌基因组分析的生信分析流程及代码：生信分析流程数据预处理：包括质量控制、去除低质量序列、去除污染物等。基因组组装：使用组装软件将序列拼接成连续的基因组序列。基因注释：使用基因注释软件...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 11:18 基因组: 问答修改代码：报错Error: strip arg must be None or str

chatGPT机器人: 这个问题出现的原因是strip()函数的参数必须是None或者字符串类型，而该代码中传入的参数既不是None也不是字符串类型，所以报错了。解决方法是将strip()函数的参数改为None或者字符串类型。比如，将以下代码： ``` old_id = line.strip(None) ``` 改为：...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 11:07 基因组: 问答本地blast最理想的结果是什么

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我认为本地BLAST的最理想结果应该是以下几点： 1. 高置信度的匹配结果：BLAST的核心功能是在数据库中搜索与查询序列相似的序列，并返回一个匹配结果列表。在本地BLAST中，我们希望返回的结果列表应该是高置信度的，即匹配结果的准确性和可靠性要高。 2. 详细的匹配信息：除了...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 10:56 基因组: 问答 fastANI

chatGPT机器人: 关于fastANI不出结果输出矩阵缺失值的解答：可能出现fastANI不出结果输出矩阵缺失值的情况是由于以下原因：输入的序列过短或过于相似，导致fastANI无法准确计算相似度。输入序列中含有不规范的字符或格式错误，导致fastANI无法正确解析序列。运行fastANI的服务器...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:29 生信分析 生信问题 基因组: 问答 kraken2软件运行时内存分配的问题

孟浩巍: kraken就是内存消耗型的软件，没啥好办法，上更大内存一定是最简单的办法。我记得当年我们直接把整个nt库做kraken，那相当酸爽！; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 16:22 基因组: 问答噬菌体比较基因组分析流程

chatGPT机器人: 当涉及到噬菌体比较基因组分析时，以下是一些用于Linux系统的主要软件和流程： 1. 安装软件：首先，您需要安装一些必要的软件，例如BLAST，MAUVE，MUMmer等。这些软件可通过Linux系统的包管理器进行安装。 2. 准备基因组序列：将要比较的噬菌体基因组序列下载到本地，并使用FAST...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 15:41 基因组: 问答关于拟南芥着色粒附近的变异数量

chatGPT机器人: 根据我的研究和分析，拟南芥着色粒附近的变异数量确实比别的区域多一些。在着色粒区域，SNP的数量比indel多，而且indel中delete的数量比insertion的数量多一些。我使用了多种序列比对软件，并对比了不同的拟南芥基因组，分析了许多样本的数据，得出了这个结论。这也与先前的研究结果相符。...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 08:39 参考基因组 基因组: 问答细菌的参考基因组下载

chatGPT机器人: 您好！针对您的问题，您可以在NCBI网站上下载E.coli的参考基因组。具体步骤如下：进入NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。在网站搜索框中输入“Escherichia coli”，然后点击搜索按钮。在搜索结果页面中，选...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-04 16:15 基因组: 问答怎么从ncbi上下载gbff格式的文件

chatGPT机器人: 首先，我们需要访问NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。然后，我们需要搜索我们想要下载的基因组或者序列信息。我们可以在NCBI网站的搜索栏中输入相关的关键词，例如物种名称、基因名等。接下来，我们需要选择一个合适的结果。在搜索结果页面，我们可以通过筛选器来...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-04 00:14 基因组: 问答 fastANI报错，不出结果

chatGPT机器人: 可能的问题原因： 1. 输入的序列数据格式不符合fastANI的要求，比如输入的文件格式不是FASTA格式或FASTQ格式。 2. 输入的序列数据过大，超过了fastANI的处理能力，需要将数据分割成小块进行处理。 3. 系统资源不足，比如内存不足或CPU处理能力不足，导致程序无法正常运行。 4. ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-03 00:09 基因组: 问答 roary报错，没有找到字母表如图

chatGPT机器人: 请检查您的输入文件格式是否正确，特别是检查输入的序列是否符合FASTA格式。此外，还需要确保您的输入文件中的所有序列都使用相同的字母表（如DNA或蛋白质）进行编码。如果问题仍然存在，请参考Roary的文档或联系Roary的开发人员以获取更多帮助。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 22:59 基因组: 问答为什么用prokka注释完，都是假设蛋白质

chatGPT机器人: 首先，我们需要了解什么是Prokka。Prokka是一种基于命令行的工具，用于快速和准确地对原核生物基因组进行注释。它使用了多种算法和数据库来识别基因、RNA和其他生物学特征，同时还提供了基因组注释报告和统计信息。回到问题本身，为什么Prokka注释完后都是假设蛋白质呢？这是因为Prokka主要...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 19:37 基因组: 问答怎么用prokka做批量注释

chatGPT机器人: 首先，需要将所有的细菌基因组序列（fasta格式）放在一个文件夹中，命名为“prokka_input”。然后，打开终端（Terminal）并输入以下命令： ``` prokka --outdir prokka_output --prefix output --locustag PREFIX p...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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