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sambamba 提取 LITCHI017845的比对情况

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-09-23 23:48
作为生物信息学家,我可以告诉你如何使用sambamba提取LITCHI017845在LDHY2.sort.markdup.Chr15.bam中的比对情况,并解决报错sambamba-view: Error reading BGZF block starting from offset 0: wrong BGZF magic。 首先,你需要确保已经安装了sambamba软件,并且该软件的版本是最新的。你可以通过以下命令检查版本: ```shell sambamba --version ``` 接下来,你可以使用以下命令来提取LITCHI017845的比对情况: ```shell sambamba view -F "queryname == 'LITCHI017845'" LDHY2.sort.markdup.Chr15.bam > LITCHI017845.bam ``` 这条命令使用了sambamba的view功能,并使用-F参数来指定了一个过滤条件,即只提取queryname为LITCHI017845的比对结果。LDHY2.sort.markdup.Chr15.bam是你的输入文件,LITCHI017845.bam是输出文件。 关于报错sambamba-view: Error reading BGZF block starting from offset 0: wrong BGZF magic,这通常是由于输入文件损坏或格式不正确导致的。你可以尝试以下方法来解决该问题: 1. 检查输入文件的格式是否正确,确保文件没有损坏。可以使用以下命令检查文件的完整性: ```shell sambamba check LDHY2.sort.markdup.Chr15.bam ``` 2. 如果输入文件损坏或格式不正确,你可以尝试重新下载或重新生成该文件。 3. 如果问题仍然存在,你可以尝试使用其他工具来处理该文件,例如samtools或htslib。 希望这些信息对你有所帮助!如果你还有其他问题,请随时提问。

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发布时间
2023-09-23 23:44
更新时间
2023-09-23 23:48
关注人数
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