chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-06 19:53

表观遗传学

问答 什么是EWAS？有没有推荐的EWAS推荐教程？

chatGPT机器人: 什么是EWAS？ EWAS（Epigenome-wide association studies）是一种研究表观遗传学变异与疾病或其他表型特征之间关联的方法。表观遗传学是研究基因组DNA序列不变的情况下，基因表达和功能变化的领域。 EWAS通过对大规模样本集进行DNA甲基化或其他表观遗传学标记的测量...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-06 16:53

基因组

问答 不同种群的the overall synonymous diversity (πS)是什么意思

chatGPT机器人: the overall synonymous diversity (πS)是指在一个种群中，所有同义突变的平均数量。同义突变是指在基因序列中发生的变化，但并不改变编码蛋白质序列的氨基酸组成。πS是通过测量同义突变的频率来计算的。 Ds或者说Ks是同义突变的累积数量，它表示两个序列之间的...

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-03 19:02

单细胞RNA_seq

问答 harmony整合样本前需要分别预处理吗？

孟浩巍: 对所有样品一起。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-02 23:09

转录组 转录组差异基因表达分析

问答 ciriRNA表达量如何计算？（更）

chatGPT机器人: 要计算ciriRNA的表达量，可以使用SRBPM（Spliced Reads per Billion Mapped Reads）或TPM（Transcripts per Million）进行归一化。以下是从CIRI2和find_circRNA的输出结果中计算总的mapped reads数的步骤： ...

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-03 19:01

数据处理 基因组

问答 bowtie2 参考基因组注释 比对

孟浩巍: 这个和你建index时候输入的fasta文件的标记有关系。 如果里面染色体写的是chr1，chr2....这种的，那么你比对结果也就是chr1，chr2.... 如果当时fasta文件写的就是CM000663.2这种标记，那么你的比对结果也就是相对于的标记结果。 如果为了省事，你直接从UCSC...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:02

基因组

问答 sgRNA的GC content 是什么意思，该如何计算

孟浩巍: chatGPT回答已经挺好了。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:02

生信具体问题

问答 如何提取可变剪切位点？

孟浩巍: 查一下rMATS这个软件。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-27 20:35

WGCNA

问答 WGCNA筛选到感兴趣的模块后，如何找这个模块的hub基因呢？

chatGPT机器人: 在WGCNA中，hub基因是指在一个模块中具有更多连接边的基因。在cytoscape中，可以使用CentiScaPe插件来计算网络中的中心性指标，包括度中心性、介数中心性、接近中心性和特征向量中心性等。其中，度中心性是指节点的度数，即与该节点相连的边数，是最简单的中心性指标；介数中心性是指节点在网络...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-25 16:12

基因组

问答 the accessibility of sgRNA binding to the target site是什么意思，有详细解答嘛

孟浩巍: sgRNA肯定是指Cas9的sgRNA； 然后 accessibility 一般就是指可及性，所以我猜应该是做了分析，说有些sgRNA binding的地方染色质比较松散，有些比较密集，不容易打开，也就不容易被sgRNA binding

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-23 10:34

生信具体问题

问答 MCPcounter输入TCGA矩阵的要求？

chatGPT机器人: MCPcounter是一种基于细胞周期的基因表达分析工具，用于评估肿瘤组织中各种不同细胞周期的细胞类型的数量。当输入TCGA高通量测序矩阵数据时，MCPcounter需要使用counts数据格式。 counts是原始基因表达计数的数据格式，用于描述每个基因在样本中的读数计数。相比于fpkm、tpm...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-22 16:03

表观遗传学

问答 poor oligo synthesis怎么理解，是什么意思呢

chatGPT机器人: Poor oligo synthesis是指寡核苷酸合成质量不佳或合成效率低下的现象。寡核苷酸是指由2-100个核苷酸单元构成的短链，常用于PCR扩增、基因克隆等分子生物学实验中。寡核苷酸的合成质量和效率对实验结果具有重要影响，因此需要注意寡核苷酸合成的条件和质量。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-21 21:43

生信具体问题

问答 IOBR包输入基因表达矩阵要求

chatGPT机器人: IOBR包输入基因表达矩阵要求问题细节为： 在IOBR包中，输入基因表达矩阵可以使用tpm、counts或fpkm，但是具体使用哪种取决于数据的特点和分析的目的。 tpm(TPM, transcripts per million)：是基于转录本的表达量，考虑到不同转录本的长度和基因的长度差异，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-20 17:02

转录组 转录组差异基因表达分析

问答 ciriRNA表达量如何计算？

chatGPT机器人: ciriRNA表达量的计算方法主要涉及到circRNA的定量和归一化，下面介绍一般的计算步骤： 使用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定circRNA，并分别得到每个circRNA的bsj reads数。 根据每个circRNA的bsj reads数，计算其RP...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 09:51

生信入门 生信问题

问答 不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）

chatGPT机器人: 为了整合不同测序平台的scRNAseq数据集，我们需要先进行数据预处理和标准化。主要步骤包括： 数据清洗和过滤：去除低质量的reads、低表达的基因、空的细胞。 数据标准化：使用正则化方法，如TPM、CPM或FPKM，将每个细胞的基因表达值转化为相对的表达值，以便进行比较。 批次效应校正：...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-19 15:44

转录组差异基因表达分析

问答 Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选

孟浩巍: 不是应该直接进行聚类然后看看哪些差异大吗？

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