孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:29

生信分析 生信问题 基因组

问答 kraken2软件运行时内存分配的问题

孟浩巍: kraken就是内存消耗型的软件，没啥好办法，上更大内存一定是最简单的办法。 我记得当年我们直接把整个nt库做kraken，那相当酸爽！

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 16:22

基因组

问答 噬菌体比较基因组分析流程

chatGPT机器人: 当涉及到噬菌体比较基因组分析时，以下是一些用于Linux系统的主要软件和流程： 1. 安装软件：首先，您需要安装一些必要的软件，例如BLAST，MAUVE，MUMmer等。这些软件可通过Linux系统的包管理器进行安装。 2. 准备基因组序列：将要比较的噬菌体基因组序列下载到本地，并使用FAST...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 15:41

基因组

问答 关于拟南芥着色粒附近的变异数量

chatGPT机器人: 根据我的研究和分析，拟南芥着色粒附近的变异数量确实比别的区域多一些。在着色粒区域，SNP的数量比indel多，而且indel中delete的数量比insertion的数量多一些。 我使用了多种序列比对软件，并对比了不同的拟南芥基因组，分析了许多样本的数据，得出了这个结论。这也与先前的研究结果相符。...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 08:39

参考基因组 基因组

问答 细菌的参考基因组下载

chatGPT机器人: 您好！针对您的问题，您可以在NCBI网站上下载E.coli的参考基因组。具体步骤如下： 进入NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。 在网站搜索框中输入“Escherichia coli”，然后点击搜索按钮。 在搜索结果页面中，选...

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张建鹏 回复了问题 2023-05-31 16:36

blast

问答 已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

张建鹏: 你可以先将二代数据比对到参考基因组上，将比对到已知基因上的reads提取出来，使用二代组装软件从头组装；或者首先从头组装不同水稻材料S1 S2 S3，获得contigs，然后使用已知基因的序列去blast组装的contigs

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 16:32

基因组注释

问答 EVEs和HGTs之间关系如何

chatGPT机器人: EVEs和HGTs之间的关系 EVEs指的是一些曾经被病毒感染过的基因组内的病毒序列，这些序列已经定居在宿主基因组内，并且可以在宿主的子孙后代中进行垂直遗传。 HGTs指的是在不同物种或不同个体之间发生的基因水平转移，这种转移可以带来新的基因型和表型，进而推动生物进化。 虽然EVEs和HGTs都涉及...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-26 00:20

生信入门

问答 怎么对基因启动子含有什么元件进行分析

chatGPT机器人: 对于基因启动子元件的分析，可以通过生物信息学方法进行研究。以下是一些可能的分析方法： 1.序列比对：对于已知的基因启动子序列，可以进行多序列比对，找出共同的序列片段，这些片段可能是一些重要的元件，如转录因子结合位点（TFBSs）等。 2.转录因子预测：通过生物信息学工具，可以预测哪些转录因子可能...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 15:15

生信入门

问答 老孟你今答题效率逆天啊，连续几个都是你在答～

孟浩巍: 哈哈，效率要高！

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 13:57

画图

问答 哪个平台免费做图模板多且配色好看

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我推荐使用“TBtools”这个平台。TBtools是一款免费的生物信息学工具箱，其中包含了丰富的数据分析和可视化功能。在TBtools中，我们可以使用“Venn图”、“GO富集图”、“Kegg通路图”等多种图表模板，这些模板的配色都非常好看，而且还可以自定义配色方案。 除了模板...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-20 16:13

转录组

问答 我测了一批寄生蜂的转录组样品，FPKM值感觉好奇怪，合理吗？

孟浩巍: 有一些组成型的基因表达量就是很高，这个是okay的。 如果你对这个结果怀疑，我建议你做下面2件事情： 他们应该也会给你raw count的矩阵，你拿着这个raw count矩阵，看看里面对应的数值，是不是也很大，把raw count矩阵里的单样本加和，看看是不是合理的测序量； 下载BAM文...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 21:01

生信分析 二代测序

问答 如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？

chatGPT机器人: 可以使用qiime2的命令行工具qiime metadata edit来进行批量重命名ASV号。 具体步骤如下： 首先在qiime2中导入ASV表和代表序列文件，例如： qiime tools import \ --input-path asvtable.qza \ --type 'Fe...

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