YDX 发起了提问 2018-09-14 16:24

肿瘤 cutoff选择

问答 一个cohort中，某基因count大于多少才有意义？

比如说百分之多少的样本count要大于某个值:

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pagu 回复了问题 2018-09-14 16:07

perl

问答 perl的如何进行读取和循环的

pagu: 看外观这算是个shell+perl的混合，代码不全看不太懂，完整点兴许能分析一下

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笨阿牛 回复了问题 2018-09-14 15:56

下载

问答 axel，wget下载数据出错的问题，没头绪

笨阿牛: 这个问题没有答案吗？ Amazing！！！ 有没有试过wget的时候，用断点继续下载的方式：wget -b -c -i [url=http://www.http://?]www.http://?[/url] 然后看一下wget.log，看你的下载是否是100%的。  

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Kevin_Lyu 回复了问题 2018-09-14 11:52

生信分析 生信问题

问答 请问cytoscape是怎么构建网络的？

Kevin_Lyu: cytoscape只是一个画网络图的软件，各个节点之间的关系是需要你自己输入的，获取关系的方法你可以是从数据库，也可以是你自己的实验。

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yuhang 发起了提问 2018-09-14 11:23

R语言 ggplot2

问答 R基础绘图问题-柱状图加误差线及T测验显著性星号，映射问题如何解决？

  [b]我有一组数据大概是这样的，6个样品，每个设置两个不同的处理，数据测量完成之后进行T测验得到以下数据。[/b]   [b]想用ggplot2画出柱状图，同时加上误差线和差异显著性的星号（每个处理的柱子中间）。[/b] [b]类似下面的这种：[/b] [attach]217[/attach]...:

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:23

转录组

问答 对突变组和对照组的某基因表达量做T检验

孟浩巍: 最理想的情况下，比如TCGA的数据，是同时给了癌症组织和癌旁组织的数据，因此可以做队列t test； 你既然没有这样的数据，做个t test就行了。    但是肯定不如同时取样的效果好，估计也会被人diss。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:12

二代测序 count

问答 二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?

孟浩巍: 修改： 你这个不是count数目，是TPM，可以简单类比FPKM。一般FPKM我们要求是至少有1个case 大于1，TPM的话你也可以定一个相应的数值即可。这个数值不一定是1，可以是0.5，可以是0.1。   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:15

featurecounts FPKM

问答 FPKM计算问题

孟浩巍: 计算FPKM建议用cufflink（单样本） 或者 cuffnorm（多样本）

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:14

ClueGO Cytoscape miRNA_mRNA互作分析

问答 关于Cytoscape插件ClueGO的问题

孟浩巍: 对于gene节点来说，如果能分配到两个GO term里，就应该是两个对应的GO term的颜色。

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城管大队哈队长 回复了问题 2018-09-13 16:33

samtools

问答 两个samtools命令之间用管道连接，最后的输出文件被吞了。

城管大队哈队长: 找到原因了。。。。。。。{id}应该改成{i}

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jiamin_2018 发起了提问 2018-09-13 15:28

stringtie与DESeq2

问答 stringtie 与DESeq2

stringtie 与DESeq2 数据分析:

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天地本无心 回复了问题 2018-09-13 13:03

linux

问答 linux条件下，如何只删除文件夹

天地本无心: 还是没有get我上一条解答。   ls -F | grep "/" | tr -d "/" | while read folder; do rm -fr ${folder}; done    你把每个管道里的内容操作一下就明白了。另外，如果你想按照你的想法来的话。   可以如下操作： ls -l |...

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天地本无心 回复了问题 2018-09-13 11:19

shell脚本批处理问题

问答 求助一个shell脚本问题，如何批量处理下面这种情况？

天地本无心: ls -F | grep "/" | tr -d "/" | while read folder; do cd ${folder}; mv * ../; cd ../; done

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海王坑 回复了问题 2018-09-13 10:49

GEO

问答 在GEO profile 下载sra文件，RunInfo Table 和accession list 有什么区别，下载哪个文件

海王坑: [attach]207[/attach]  

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xiaoyingshi 回复了问题 2018-09-12 19:17

芯片数据分析

问答 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

xiaoyingshi: 芯片批次效应对差异表达基因计算结果 [b]大 [/b]。   1个经历： 分析数据是[url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE39461]GEO under GSE39461[/url]的前12个样本，做差异表达基因分析时候...

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