聚类分析问题 - 做专业的生信问答网站

登录

2: 关注

3017: 浏览

聚类分析问题

生信具体问题

使用共识聚类、NMF聚类以及K-means聚类分析时，以分析患者表达亚型为目的，应该将行作为样本列作为基因还是将行作为基因列作为样本？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-07-14 15:56

根据聚类分析的目的是分析患者表达亚型，应该将行作为样本、列作为基因进行分析。在共识聚类中，我们通过对多次聚类结果进行集成来得到一个共识聚类结果。每次聚类实验的结果都是对样本进行分组，因此将行作为样本可以更直接地对患者进行聚类分析。 NMF聚类（Non-negative Matrix Factorization）是一种基于矩阵分解的聚类方法，它将数据矩阵分解为两个非负矩阵，其中一个矩阵代表样本的特征，另一个矩阵代表基因的贡献。因此，将行作为样本、列作为基因可以更好地应用NMF聚类方法。 K-means聚类是一种基于样本之间距离的聚类方法，通过计算样本之间的距离来将它们分组。将行作为样本、列作为基因可以更方便地计算样本之间的距离，并进行K-means聚类分析。因此，为了分析患者表达亚型，应该将行作为样本、列作为基因进行共识聚类、NMF聚类和K-means聚类分析。

赞同 0 0评论

关于作者

: liuyujie 注册会员
电风扇

0: 回答

0: 文章

41: 问题

问题动态

发布时间: 2023-07-14 15:54

更新时间: 2023-07-15 18:11

关注人数: 2 人关注

相关问题

动态库存在但调用报错问题: 2244 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因组组装问题: 2672 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

无参基因组分析GO富集到了这一步不会做: 1294 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？: 5713 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

关于GO分析的问题: 1900 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？: 2359 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

生信问题（我也不知道该怎么问）: 2674 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞亚类聚类和相关细胞分析: 2289 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq差异分析: 2351 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

全基因组关联分析结果与模型选择: 2119 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 2659 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 3083 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问蛋白保守序列分析: 1791 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问由cutesv流程鉴定到的SV有特别多的缺失基因型: 2176 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 hmmsearch和hmmscan: 3701 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问群体结构矫正: 2326 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 3582 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问群体内同源基因的所有变异: 1883 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问全基因组关联分析结果与模型选择: 2119 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 2755 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026