最近看了很多文献,文献很多对使用SRBPM、TPM值归一化circRNA。但是如何从CIRI2和find_circRNA的输出结果中得到总的mapped readsn
要计算ciriRNA的表达量,可以使用SRBPM(Spliced Reads per Billion Mapped Reads)或TPM(Transcripts per Million)进行归一化。以下是从CIRI2和find_circRNA的输出结果中计算总的mapped reads数的步骤:
1. CIRI2输出结果: CIRI2是一个流行的circRNA识别工具。其输出结果通常包含一个circRNA列表和每个circRNA的reads数。要计算总的mapped reads数,可以按照以下步骤进行操作:
a. 打开CIRI2的输出结果文件,找到每个circRNA的reads数列(通常是reads列)。将所有circRNA的reads数相加,得到总的reads数。
b. 从你的测序数据中获取总的mapped reads数。这可以通过使用一些常见的测序数据分析工具(例如Bowtie、STAR、HISAT等)将原始测序数据比对到参考基因组或转录组,然后从比对结果中提取mapped reads数。
c. 将CIRI2输出结果中的总的reads数除以总的mapped reads数。然后乘以1,000,000,000(SRBPM)或1,000,000(TPM),即可得到ciriRNA的SRBPM或TPM值。
2. find_circRNA输出结果: find_circRNA是另一个常用的circRNA识别工具。其输出结果通常包含一个circRNA列表和每个circRNA的reads数。要计算总的mapped reads数,可以按照以下步骤进行操作:
a. 打开find_circRNA的输出结果文件,找到每个circRNA的reads数列(通常是reads列)。将所有circRNA的reads数相加,得到总的reads数。
b. 从你的测序数据中获取总的mapped reads数,方法同上。
c. 将find_circRNA输出结果中的总的reads数除以总的mapped reads数。然后乘以1,000,000,000(SRBPM)或1,000,000(TPM),即可得到ciriRNA的SRBPM或TPM值。
以上步骤可以帮助你从CIRI2和find_circRNA的输出结果中计算总的mapped reads数,并进一步计算ciriRNA的表达量。
这家伙很懒,还没有设置简介