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linux bam数据替换

如何在linux实现把bam文件染色体名称进行替换？想要处理的bam文件的格式如 @SQ SN:CM000664.2 LN:242193529
@SQ SN:KI270715.1 LN:161471...

目标的输出文件格式为@SQ SN:chr19 LN:58617616
@SQ SN:chr20 LN:64444167
@SQ SN:chr21 LN:46709983

已经处理好染色体对应的文件，格式为

CM000663.2 chr1

CM000664.2 chr2

....

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查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-29 23:56

这个操作有点奇怪，因为如果上面换了，后面的alignment内容也得换。

如果都换就直接一行一行处理按字符串替换即可。

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关于作者

: Zed999 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-29 22:37

更新时间: 2023-06-29 23:56

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