bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1） - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2983: 浏览

bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）

生信分析

老师好，我做chipseq用bowtie2进行比对，当目录下只有一个样本mapping时脚本可正常进行，当目录下有多个样本时mapping脚本出现报错，查了好多方法都没解决，求助大家，谢谢！

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-26 10:14

可能是多个样本文件名或路径不正确导致的。建议检查一下脚本中读取样本文件的代码，确保文件名或路径正确无误。另外，也可以尝试在命令行中手动运行bowtie2进行比对，以确认是否是程序本身的问题。如果问题依然存在，可以尝试查看bowtie2的错误信息，以便更好地定位问题所在。

赞同 0 0评论

关于作者

: li-nwafu 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-26 10:09

更新时间: 2023-06-30 00:07

关注人数: 2 人关注

相关问题

Aspera数据下载报错: 2403 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

bowtie2 参考基因组注释比对: 2307 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

linux系统中使用fastqc报错: 2577 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

SPSS报错: 2018 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问一下，使用conda install deeptools之后，出现如下报错，如何解决呢？: 1920 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？: 2165 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 2109 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

bowtie2比对结果报告best，以及aligned concordantly: 1696 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

利用GATK的HaplotypeCaller生成GVCF一直报错怎么回事: 2079 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

Bowtie2使用中遇到的内存不足问题: 1846 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 2031 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生存分析KM-plot交叉问题: 2029 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问人工智能技术目前在生信分析中有哪些应用?: 908 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？: 1842 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问生存分析KM-plot问题: 1867 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 sc-ATAC数据质控: 1850 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图: 4050 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问【求助】怎么能画出子网络图: 970 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 1917 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025