xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

942: 浏览

xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理

生信入门

使用陈华老师原版的xp-clr进行xp-clr寻找选择候选基因的时候，得到的结果文件表头为chr# grid# #ofSNPs_in_window physical_pos genetic_pos XPCLR_score max_s
有些XPCLR_score值为inf，但是是有具体的snp个数的，这是为什么呢？应该在后续的时候怎么处理inf值合理呢

示例如下：
Chr01 1969 3 3945058.000000 10.138772 inf 0.000000
Chr01 1970 5 3947058.000000 10.143898 2.338653 0.005000
Chr01 1971 12 3949058.000000 10.149081 inf 0.000000
Chr01 1972 10 3951058.000000 10.154239 1.261395 0.005000
Chr01 1973 6 3953058.000000 10.159402 0.000000 0.000000

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-25 16:14

XPCLR_score的inf值表示在该窗口内没有发现明显的选择信号。这种情况下，XPCLR_score被定义为正无穷大。在实际处理中，我们应该将XPCLR_score的inf值设置为一个较大的数字（例如9999），以便在后续的数据分析中能够区分这些值。另外，我们可以将XPCLR_score的inf值与其他选择候选基因的XPCLR_score值进行比较，以确定哪些基因是真正的选择信号。

赞同 0 1评论

关于作者

: LuckLong 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-25 16:09

更新时间: 2023-06-25 16:14

关注人数: 2 人关注

相关问题

用atac-seq数据计算的TSS enrichment score: 1320 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

the phenotype score: 784 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何在 bioinfo.info 建立第一天留下自己的名字？: 2956 浏览 13 关注 13 回答 1 评论

用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？: 666 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

多因素COX回归后画risk score曲线: 767 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

NIPT算出了z-score后想要基于z>3的值对Z值进行校正该用什么方法: 1222 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

infercnv运行报错: 1099 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

blastp后，我想提取score的序列，请问使用python应该怎么写这个脚本: 786 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在GEO profile 下载sra文件，RunInfo Table 和accession list 有什么区别，下载哪个文件: 671 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

bioPython1.72版本怎么安装，我在Python子文件夹里找到Bio和bioPython1.72.dist-info，可在Python界面就是导不入，有没有大神解答一下: 852 浏览 0 关注 0 回答 0 评论

推荐内容

问关于hub基因的问题: 608 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问从bed文件获取注释: 1262 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

问去除数据中特异值的方法: 1083 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 XP-CLRp: 985 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？: 767 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 logistic回归、异常值: 872 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于生存分析的问题: 540 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问选择信号检测XP-CLR: 1807 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 966 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024