IOBR包输入基因表达矩阵要求 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

680: 浏览

IOBR包输入基因表达矩阵要求

生信具体问题

IOBR包输入基因表达矩阵tpm,counts，fpkm那种较好？IOBR包能分析标准化后的芯片数据表达矩阵吗？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-21 21:43

IOBR包输入基因表达矩阵要求问题细节为：

在IOBR包中，输入基因表达矩阵可以使用tpm、counts或fpkm，但是具体使用哪种取决于数据的特点和分析的目的。

tpm(TPM, transcripts per million)：是基于转录本的表达量，考虑到不同转录本的长度和基因的长度差异，tpm可以更准确地反映不同基因的表达量。
counts：是基于基因的计数，可以用于差异表达分析和聚类分析，但是需要注意的是，不同基因的长度差异会对计数结果造成影响。
fpkm(FPKM, fragments per kilobase of exon per million reads)：是基于基因的表达量，考虑到基因长度和读长的影响，可以更准确地反映不同基因的表达量。

IOBR包能分析标准化后的芯片数据表达矩阵吗？

IOBR包主要用于RNA-seq数据的分析，但是也可以用于分析芯片数据的表达矩阵。对于标准化的芯片数据表达矩阵，IOBR包可以进行差异表达分析、聚类分析、GO富集分析等分析。

赞同 1 0评论

关于作者

: liuyujie 注册会员
电风扇

0: 回答

0: 文章

41: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-21 21:41

更新时间: 2023-06-21 21:43

关注人数: 2 人关注

相关问题

芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？: 707 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因表达: 722 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？: 875 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

宏基因组进行binning分析: 1531 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

参考基因组添加外源基因序列进行比对: 1080 浏览 2 关注 5 回答 0 评论

如何根据现有序列找到它们在三代基因组的编号: 1069 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞seurat对象的基因过滤: 2571 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 776 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索: 494 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

GEO数据芯片数据基因名转换: 546 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads: 560 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 854 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问聚类分析问题: 911 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 prokka数据库更新: 708 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问蛋白保守序列分析: 590 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 unicycler混合拼接结果是否还需要纠错: 733 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？: 1101 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？: 1319 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 1171 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问 VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 646 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024