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ChIP-seq测序深度

Chip_Seq

想请教一下大家，我有一个敲低组和WT的ChIP-seq，指定测6个G的大小，结果公司返回的数据中，敲低组有10个G，而WT只有4个G，这种情况下，我去用deeptools RPKM标准化作图的时候，得到了和实验结果相反的现象；想问一下有什么办法能随机减小文库大小么？还是这种情况只能重新上机了。

重新上机最快还要一周，感觉对课题的进度影响还蛮大的，以及想问一下，有没有前辈知道，公司在测序时，测序深度很难控制么？为什么会返回大小差异如此之大的数据啊？谢谢各位！

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-17 16:59

一般可以用downsample的方式部分解决这个问题。

我有两个建议：

WT先去加测6个G；
在等待加测数据回来的过程中，把WT的数据downsample，具体也很简单，要么就是BAM文件直接downsample，用samtools view 命令即可；要么就是在原始reads的时候就用head命令搞定。

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发布时间: 2023-06-17 16:14

更新时间: 2023-11-28 15:05

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