tsRNA测序思路求助 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1476: 浏览

tsRNA测序思路求助

生信入门

tsRNA-seq做比对过程中

分析的思路参考的本篇文献：tRF2Cancer: A web server to detect tRNA-derived small RNA fragments (tRFs) and their expression in multiple cancers

https://academic.oup.com/nar/article/44/W1/W185/2499378?login=true

文章part2的分析思路为：

1.比对人全基因组，删去未比对上的序列。

2.接着比对mRNAs snoRNAs miRNAs，然后去掉这些比对上的序列。

3.最后比对tRNA gene，得到目标序列。

提问：为什么要做前两步？直接用cleandata和tRNA的参考基因组比对为什么不行？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-12 16:02

为什么要做前两步呢？这是因为在tsRNA-seq数据中，除了tRNA-derived small RNA fragments (tRFs)外，还存在其他的RNA序列，如mRNAs、snoRNAs和miRNAs等。如果不进行前两步的比对和过滤，那么这些非tRF序列也会被计入tRFs的分析中，导致分析结果的偏差。

而且，在进行tRNA的比对时，如果直接使用clean data和tRNA的参考基因组比对，可能会出现一些问题，如比对错误、重复序列问题等。因此，先进行全基因组比对，再去除其他RNA序列，最后再进行tRNA比对，可以提高比对的准确性和精度。

赞同 0 0评论

关于作者

: wearru 注册会员
zju MPH在读

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-12 15:55

更新时间: 2023-06-14 22:08

关注人数: 2 人关注

相关问题

三代重测序结合DNA甲基化的推荐文章: 2009 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

有人有测序中国过去出的非编码rna的视频教程吗: 854 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

[求助]WGCNA具体参数: 823 浏览 1 关注 0 回答 2 评论

求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。: 1087 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】如何确定时期特定表达基因: 1012 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求重测序不同群体示例数据: 760 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？: 1181 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】在Ubuntu如何上网: 2232 浏览 6 关注 5 回答 0 评论

求助，运行软件时遇到perl问题: 1597 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

【求助】如何确定一种基因ID的类型: 1991 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？: 1166 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问选择信号检测XP-CLR: 2359 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 sc-ATAC数据质控: 1503 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问申博、科研: 1715 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置: 1412 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理: 1495 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问【求助】差异表达和特异表达: 1465 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问网页database: 1018 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问我想从蠕虫库寄生虫 (wormbase.org)上下载全部的fa文件，请问怎么样才能批量的下载，同时下载的速度可以稍微快一点: 1739 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问安装anaconda时conda命令无法起作用: 2303 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025