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chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢

Chip_Seq

请问chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢。我做的结果平均每个样本总的peak只有两三千，另外差异peak的阈值怎么选呢

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-06 11:54

不同的目标蛋白，ChIP-seq的peak数目肯定不同。

具体你这个蛋白是多少，可以看看前人文献，也可以看看公共数据。

另外，选择call peak的阈值时，找出来peak以后要IGV截图看看，是不是真的看上去像个peak，如果阈值选择好了以后，虽然call出来3000个峰，但是随机选300个，都不怎么像，那就说明你cutoff选的不对。

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发布时间: 2023-06-06 10:19

更新时间: 2023-06-06 11:54

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