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我在服务器上进行转录组分析时(拟南芥),使用hisat2做的比对,用featurecounts进行定量,但是发现有一个基因count和TPM值都为0,但是公司分析结果中这个基因有表达,我使用IGV查看了比对的bam文件,发现是有reads mapping,请问这个原因是?谢谢!
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你可以选一下view in pairs的模式,看一下这些reads的mapping是不是都是合理的。
然后再看一下,你的这个转录本是不是包含在你技术的gtf里。
最后再看看是不是质量比较低的mapping结果,是不是过滤掉了?
这家伙很懒,还没有设置简介
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