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RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常

生信分析

问题：RNA-seq 比对率正常(90% mapping)，但区域统计中，intronic占比很高，exonic最低（如下图）

使用软件：STAR、Qualimap

疑问：导致这种结果的原因是什么呢？是建库策略或者比对策略？（ployA+/ribo remove）

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-24 12:45

主要是看你的建库策略，一般polyA + 的建库策略exonic比例会高；

ribo - 的建库策略，intronic比例会高。

这都没太大关系，只要你分析的时候，你的目标基因coverage是足够的即可。

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发布时间: 2023-05-24 11:09

更新时间: 2023-05-24 12:46

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