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我在进行单细胞测序的时候,想区分不同来源的肿瘤细胞,因此在一类细胞中外源导入GFP,另一类中导入Luciferase,且我已知这些基因的序列。在完成测序并获得原始数据后,是否应该在参考基因组中添加这一列外源基因的序列进行index和比对?如果理论上可行的话,实际应该如何操作?直接在fa文件中添加新的chr和序列吗?请大家帮我出出主意,谢谢!
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这个一般是把额外的序列当一条单独的染色体,就是在你的reference genome的FASTA文件里多加几条序列。
然后重新建index,建完index以后再重新比对。
这家伙很懒,还没有设置简介
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