该问题已被锁定!
2
关注
1496
浏览

如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥)

查看全部 1 个回答

孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2018-08-30 20:25
可以参考我的代码,使用org里面拟南芥的数据库   [code]############################################# # 第1次运行请安装下列R包 ############################################# source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("org.At.tair.db") ########################################## # 成功安装以后,可以运行下列内容 ########################################## # load R package require(org.At.tair.db) # for example list accession_list = your input gene id !!! # 查看提供哪些id进行转换 keytypes(org.At.tair.db) # keytype是你输入的id类型,column是你要转成的id类型 # accession to ENRIZID gene_id = mapIds(org.At.tair.db,keys=accession_list,column="ENTREZID",keytype="REFSEQ",multiVals="first") # accession to gene_name gene_name = mapIds(org.At.tair.db,keys=accession_list,column="SYMBOL",keytype="REFSEQ",multiVals="first")[/code]

关于作者

问题动态

发布时间
2018-08-30 18:26
更新时间
2018-08-30 20:25
关注人数
2 人关注

相关问题

如何一个数据表中第一列都统一删除三个字母保留数字再输出为一个新表
ciriRNA表达量如何计算?(更)
有台Dell工作站,如何配置成服务器
通过富集得到了一些信号通路,我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的,如何实现呢?
请问一下,如何将登陆服务器局域网的ip设置为静态的呢?
已经有不同材料的全基因组二代测序数据,查找是否存在某个已知基因?
基因表达
关于hub基因的问题
IOBR包输入基因表达矩阵要求
perl的如何进行读取和循环的

推荐内容

R进行GO时出现No gene can be mapped....
画heatmap出现错误提示
linux系统中使用fastqc报错
使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错
用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图
如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题
bowtie2使用报错,求助啦
分析CRISPR 高通量筛选数据
科研/读博
使用cutadapt去掉adaptor后,fastqc结果的sequence distribution报错
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025