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使用fastp软件对fastq文件质控的问题

想要剪去头8个尾80个位点，但是reads长度不同，用fastp软件该怎么写

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皆坐注册会员用户来自于: 江苏省南京市
2018-08-29 09:16

代码： ls *fq|while read id;do [b]fastp -A -Q -f 8 -t 80 -l 30[/b] -i $id -o /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id -h /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id.html -j /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id.json;done [attach]64[/attach] [attach]63[/attach] 跑完是这种情况，这个数据不好，reads长度是25-285的

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发布时间: 2018-08-27 14:56

更新时间: 2018-08-29 09:16

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