几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系

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在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？

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怎么对基因启动子含有什么元件进行分析

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安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况

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双端测序的sra文件，经过fastq-dump --split-3，出现3个结果是什么原因？如下图

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3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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做进化树时，有些分支没有bootstrap值，正常吗？为什么？

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基因组文件中chrUn具体是什么意思呢

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问 高度杂合变异材料的遗传变异研究采取方法讨论

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问 reads数越多，滑窗内GC含量降低

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问 对于BLAST算法在高歌老师的课上提到运用哈希函数和有限自动机的模型去提高数据检索效率，不是很理解其中的原理，希望得到大神们的帮助

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问 第二代测序碱基出错偏向的原因是什么 为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主 稀有碱基会影响测序吗

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问 可否用sanger测序测某一基因的上下游序列

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问 T to T测序中ONT测序起到的作用

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问 Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？

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问 在N-W算法中，为什么忽略了从x状态道y状态的转化（xi对应到一个空位到yi对应一个空位的转化）

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问 用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图

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