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关于scrublet的使用

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-10-13 21:04
根据你的描述,你使用scrublet进行单细胞预测时,得到了一个UMAP的预测图。教程中提到,黑色的点代表预测为双细胞。然而,当你尝试导出数据为文本文件,发现所有细胞的"predicted_doublets"列的值都是False,与预期不符。你想知道这其中的原因。 可能的原因之一是,你在运行scrublet时没有正确设置参数。默认情况下,scrublet使用0.25作为双细胞阈值(doublet_threshold),也就是当一个细胞的双细胞分数(doublet_scores)高于0.25时,它被预测为双细胞。请确保你的代码中设置了正确的参数值,或者尝试手动调整阈值来看看是否有所改变。 另一个可能的原因是,UMAP的预测图中的黑色点并不代表所有预测为双细胞的细胞。这些黑色点可能只是UMAP绘图中的一种编码方式,用于显示双细胞的位置,而不一定代表所有的双细胞。你可以查看scrublet的文档或教程,了解更多关于UMAP图中点的说明。 综上所述,你需要仔细检查scrublet运行时的参数设置是否正确,并深入了解预测图中黑色点的含义。这样可以帮助你确定为什么在导出文件时,所有细胞的"predicted_doublets"列的值都是False。

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发布时间
2023-10-13 21:03
更新时间
2023-10-13 21:04
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